Projets du Genoscope

• Séquençage de génomes entiers
• Séquençage de régions chromosomiques
• Données d'expression
• BES, STS, Microsatellites, autres

Séquençage de génomes entiers

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Organisme	Intitulé de projets	Statut	Etat
Acinetobacter baumanii MDR	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Acinetobacter baumannii VEB et SDF	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Acinetobacter baylyi	Séquençage aléatoire global	Genoscope	terminé
Anopheles gambiae	STC - Genome complet (shotgun)	collaboration	terminé
Arabidopsis thaliana	Bras court du chromosome 3	Genoscope	terminé
Arthrospira sp. PCC8005	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Azospirillum lipoferum	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Babesia microti	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Bacillus cereus F0837/76	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Blastocystis hominis	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Botrytis cinerea	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Brachiola algerae	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Bradyrhizobium sp. ORS278	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Clostridium sticklandii DSM519	Séquençage aléatoire global	Genoscope	en cours
Cotesia congregata	Génome complet du polydnavirus	collaboration	terminé
Deinococcus deserti VCD115	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Ectocarpus siliculosus	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Encephalitozoon cuniculi	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Enterococcus lactis	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Escherichia coli B	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Escherichia fergusonii ATCC 35469T, Escherichia coli IAI 1, 55989, IAI39, UMN026, ED1a, S88	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Flavobacterium branchiophilum	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Frankia alni ACN14a	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Herminiimonas arsenicoxydans sp. nov	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Homo sapiens	Bras long du chromosome 14	Genoscope	terminé
Hyposoter didymator Ichnovirus	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Lactobacillus bulgaricus	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Lactococcus lactis	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Legionella pneumophila	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Marine cytophagales	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Marinobacter hydrocarbonoclasticus ATCC49840	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Methylobacterium dichloromethanicum DM4	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Mycobacterium	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Mycoplasma agalactiae PG2 et 5632	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Mycoplasma hominis PG21	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Mycoplasma mycoides ssp. mycoides LC	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Mycoplasma pulmonis UAB CTIP	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Oikopleura dioica	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Oryza sativa	Chromosome 12	Genoscope	terminé
Paramecium tetraurelia	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Podospora anserina	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Prochlorococcus marinus SS120	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Propionibacterium freudenreichii ssp shermanii ATCC9614	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Pseudomonas L48	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Pyrococcus abyssi	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Ralstonia solanacearum GMI1000, MolK2 and 1609	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Ralstonia taiwanensis LMG19424	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Rickettsia conorii	Séquençage aléatoire global	collaboration	terminé
Saccharomyces cerevisiae EC1118	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Staphylococcus xylosus C2a	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Streptococcus salivarius JIM8777, JIM8780	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Synechococcus sp. WH7803 et RCC307	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Tetraodon nigroviridis	Séquençage aléatoire global	Genoscope	terminé
Thiomonas spp.	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Tropheryma whipplei	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours
Vitis vinifera	Séquençage du génome	collaboration	en cours
Xanthomonas albilineans	Séquençage aléatoire global	collaboration	en cours

Séquençage de régions chromosomiques

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Organisme	Intitulé de projets	Statut	Etat
Capra hircus	Locus PIS	collaboration	en cours
Drosophila simulans	Séquençage d’une région de 200kb du chromosome X	collaboration	en cours
Helicoverpa armigera	Séquençage d'une sélection de BACs de noctuelles	collaboration	en cours
Homo sapiens	8q13-q21	collaboration	en cours
Homo sapiens	Metagénome de la microflore intestinale humaine	collaboration	en cours
Homo sapiens	D12S1604	collaboration	en cours
Homo sapiens	16q12.1	collaboration	en cours
Homo sapiens	13q14.3	collaboration	terminé
Homo sapiens	2p21 (SPG4)	Genoscope	terminé
Homo sapiens	19q13.3	collaboration	terminé
Leptosphaeria maculans	Région génomique impliquée dans la spécificité d'hôte	collaboration	en cours
Mus musculus	D11Mit33 - D11Mit36 (Om)	collaboration	en cours
Phaseolus vulgaris	Séquençage de la région Co-2	collaboration	en cours
Spodoptera frugiperda	Séquençage d'une sélection de BACs de noctuelles	collaboration	en cours
Streptomyces ambofaciens	Séquençage partiel du chromosome linéaire.	collaboration	en cours
Sus scrofa	Classe I du système majeur d'histocompatibilité du porc (SLA)	collaboration	terminé
Triticum ssp	Séquençage génomique comparatif chez le blé	collaboration	en cours
Xiphophorus maculatus	Analyse de la région de détermination du sexe chez le platyfish	collaboration	en cours

Données d'expression

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Organisme	Intitulé de projets	Statut	Etat
Acyrthosiphon pisum	Collection d'EST	collaboration	en cours
Alnus glutinosa et Casuarina glauca	Collection d'EST	collaboration	en cours
Alvinella pompejana	collection de cDNA	collaboration	en cours
Aphanomyces euteiches	Collection d'ADNc	collaboration	en cours
Botrytis cinerea	Collection de cDNA	collaboration	terminé
Ciona intestinalis	Caractérisation du programme d'expression génique embryonnaire de l'ascidie	collaboration	terminé
Citrus clementina	Collection d'ADNc	collaboration	en cours
Crassostrea gigas	Collection d'EST	collaboration	en cours
Eucalyptus	Collection d'EST	collaboration	en cours
Gallus gallus	Analyse par SAGE du processus d'autorenouvellement	collaboration	en cours
Hirudo medicinalis	Collection d'EST	collaboration	en cours
Homo sapiens	Etude d'un gène de susceptibilité à l'autisme	collaboration	en cours
La néphropathie diabétique	SAGE	collaboration	en cours
Lampetra fluviatilis	Collection d'EST	collaboration	en cours
Medicago truncatula	collections d'ADNc	collaboration	terminé
Microbotryum violaceum	collection d'EST	collaboration	en cours
Mus musculus	Analyse d'une banque normalisée d'ADNc dans le cadre de l'étude de la dégénerescence rétinienne	collaboration	en cours
Mus musculus	Analyse des modifications d'expression dans les muscles de souris mdx déficientes en dystrophine	collaboration	terminé
Mus musculus	Analyse par SAGE de l'embryon précoce	collaboration	terminé
Oryza sativa	Collection de FST	collaboration	en cours
Phaeodactylum tricornutum	Collection d'EST	collaboration	en cours
Scyliorhinus canicula	Collection d'EST	collaboration	en cours
Spadella cephaloptera	Collection d'EST	collaboration	en cours
Theobroma cacao	Collection d'ADNc	collaboration	en cours
Xenopus tropicalis	Analyse de banques de cDNA pré et postmétamorphiques du système nerveux	collaboration	en cours

BES, STS, Microsatellites, autres...

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Organisme	Intitulé de projets	Statut	Etat
-	Fragments d'ADN génomique enrichis en microsatellites chez quatre plantes tropicales (Programme Biotrop, CIRAD Montpellier)	collaboration	terminé
Anaerobic bacteria	Caractérisation globale de la biodiversité des bactéries des environnements anaérobies complexes d'intérêt pour l'homme.	collaboration	en cours
Arabidopsis thaliana	STC	Genoscope	terminé
Botrytis cinerea	Impact des éléments transposables sur la structure des chromosomes du champignon phytopathogène.	collaboration	en cours
Drosophila melanogaster	STC (BDGP)	collaboration	terminé
Drosophila melanogaster	STC (EDGP)	collaboration	terminé
Hemiascomycetes	Etiquettes (RST) d'ADN génomique de 13 levures hémiascomycètes	collaboration	terminé
Homo sapiens	Loci humains à minisatellites hypermutables	collaboration	terminé
Mus musculus	Cartographie d'hybrides d'irradiation	collaboration	en cours
Plantes et parasites tropicaux	Recherche de locus microsatellites sur plusieurs espèces	collaboration	terminé
Schistosoma mansoni	STC	collaboration	terminé
Triticum	Marqueurs microsattellites du blé tendre	collaboration	terminé

intention	en cours	terminé

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