Le genre Acinetobacter appartient à la subdivision gamma des Protéobactéries, et à la famille des Moraxellacées. Le Genoscope a déjà séquencé le génome d'Acinetobacter sp. ADP1, isolée du sol. A. baumannii est quant à elle une espèce pathogène. Dans les pays industrialisés de l'hémisphère nord, elle est exclusivement responsable d'infections nosocomiales. Sa présence dans ce type d'infection s'explique par sa très grande capacité à acquérir des résistances aux antibiotiques. La situation est différente dans les pays tropicaux, où A. baumannii est un agent d'infections communautaires (contractées en dehors de l'hôpital). Il s'agit essentiellement de pneumonies associées à des bactériémies (présence de bactéries dans le sang) qui surviennent chez des patients alcooliques.
Nous séquençons les génomes de deux souches d'A. baumannii. La première, nommée VEB, est représentative des souches nosocomiales. Elle est responsable d'une épidémie hospitalière, associée à une forte mortalité, qui est survenue dans le nord de la France. La souche VEB est multirésistante aux antibiotiques. La seconde souche, SDF, est quant à elle communautaire. Elle fait partie de nouvelles souches d'A. baumannii qui ont la particularité curieuse d'être particulièrement sensibles aux antibiotiques. Ces souches ont été isolées à partir de prélèvements faits à l'intérieur de poux de corps trouvés sur des personnes sans domicile fixe en France. Etant donné que l'intérieur des poux est normalement stérile, la présence de ces souches ne peut être due qu'à des épisodes de bactériémies occultes.
Il est intéressant de comparer les génomes d'une souche nosocomiale multirésistante et d'une souche communautaire multisensible afin d'identifier les facteurs qui concourent à leur adaptation à des niches écologiques très différentes et à leur pouvoir pathogène.