Le génome des polydnavirus possèdent l'originalité d'être composé de multiples segments circulaires d'ADN double brin. Dans le cas présent, une vingtaine de cercles de 2 à 16 kb ont été identifiés, amenant la taille totale du génome du virus à 250-300 kb.

Pour permettre le séquençage, l'ADN viral sera amplifié grâce à la rolling circle DNA polymérase (Amersham) puis une banque d'inserts de 5 kb sera réalisée dans pcdna2.1 et les extrémités d'environ 2 500 clones seront séquencées (soit 5 000 séquences).