Ce projet a pour objectif l'identification par clonage positionnel du gène maître de déterminisme du sexe du poisson Xiphophorus maculatus (platy) et la caractérisation d'autres loci localisés sur les chromosomes sexuels et impliqués dans la formation de mélanomes, la pigmentation et le déclenchement de la puberté. La comparaison détaillée des chromosomes X et Y du platy devrait également permettre d'appréhender les mécanismes impliqués dans les étapes initiales de la différenciation moléculaire entre différents types de chromosomes sexuels et de mieux comprendre l'évolution des fonctions géniques liées au sexe. Cette étude devrait contribuer à une meilleure connaissance de la base moléculaire et des contraintes adaptatives gouvernant la variabilité du déterminisme du sexe chez les poissons.

Une importante condition préalable à l'aboutissement de ce projet était la construction d'une banque génomique de type BAC (chromosomes bactériens artificiels), qui a été réalisée à partir d'individus males XY (Froschauer et al. 2002, Gene 295:247). Des clones BAC contenant Xmrk, egfrb et d'autres marqueurs des chromosomes sexuels ont été utilisés comme points de départ pour la construction de blocs de clones chevauchants (contigs) couvrant plusieurs mégabases des chromosomes X et Y. Ces contigs sont actuellement en cours de séquençage par le Genoscope. Les différents gènes candidats identifiés pendant la phase de séquençage sont caractérisés au niveau fonctionnel chez plusieurs espèces de poissons (platy, médaka, poisson zèbre, etc.) en utilisant différentes méthodologies (analyse d'expression, injection d'ARN/ADN, morpholinos, etc.); un transfert des connaissances acquises sera effectué vers les poissons d'intérêt économique (Université de Würzburg, Allemagne). La dynamique évolutive des chromosomes sexuels est analysée chez plusieurs espèces de poissons par hybridation in situ en fluorescence (FISH; Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris).
Genoscope a entrepris le séquençage de 50 clones BAC couvrant la région de déterminisme du sexe des chromosomes X et Y du platy Xiphophorus maculatus. Chaque BAC fera l'objet d'un sous-clonage (inserts 5 kb clonés dans pcdna2.1) puis d'un shotgun (volume total d'environ 200 000 séquences) suivi d'un assemblage en phase 2.