Jeune nodule d'Alnus glutinosa au stade trois lobes, stade choisi pour le présent projet de séquençage. Frankia a été déposé ponctuellement sur la bille de latex au centre de l'image (photo Y. Prin).

Le séquençage récent du génome de trois souches de Frankia, effectué par le Genoscope, le laboratoire d'Ecologie Microbienne de Lyon et un consortium de groupes américains (JGI/DoE, Universités) a permis de mettre en évidence des différences marquées de taille du génome corrélées au spectre de souche, une absence d'ilôt symbiotique et une absence de cluster de gènes nod canoniques (Normand et coll., 2007). Les travaux continuent pour identifier les évènements qui ont lieu dans la bactérie au cours de l'infection.

Du côté de la plante, il y a encore peu de choses connues sur les mécanismes symbiotiques si ce n'est la conservation de certains mécanismes contrôlant l'infection des plantes actinorhiziennes par Frankia et l'infection des légumineuses par Rhizobium (Svistoonoff et coll., 2004).

L'objectif de ce projet est de constituer des bases de données (ESTs) de taille significative sur l'ensemble des gènes de Casuarina et d'Aulne exprimés au cours de l'interaction symbiotique avec Frankia, et de comparer ce programme génétique à celui de racines témoins non infectées. L'approche génomique devrait fournir dans les prochaines années une vision globale du fonctionnement des nodules actinorhiziens. Une analyse comparative des transcriptomes des actinorhizes et des nodosités des légumineuses devrait également apporter des informations sur la nature des gènes qui prédisposent les plantes actinorhiziennes et les légumineuses à développer des nodules racinaires fixateurs d'azote.