La microsporidie Brachiola algerae, dont la taille du génome est estimée à 10 Mb, peut être produite en culture cellulaire. Aussi, en s'appuyant sur l'expérience et la réussite du projet de séquençage du génome complet d'E. cuniculi, une stratégie similaire est proposée:

• Production des parasites en culture cellulaire sur cellules fibroblastiques humaines (HFF);
• Purification des formes de résistances (spores);
• Elimination des contaminants d'ADN des cellules-hôtes par traitement DNAse (la paroi sporale protège l'ADN du parasite);
• Purification de l'ADN parasitaire (utilisation des propriétés naturelles de dévagination de l'appareil d'invasion permettant le relargage de l'ADN du parasite);
• Construction de deux banques plasmidiques (inserts 3 et 10 kb respectivement) et d'une banque miniBAC (inserts d'environ 25 kb);
• Séquençage des clones recombinants (7-8 équivalents génome);
• Assemblage;
• Finition (séquençage des régions de mauvaise qualité ou avec une couverture insuffisante ainsi que les régions manquantes);
• Validation de l'assemblage final par analyse utilisant des endonucléases de restriction sur les ADN miniBAC;
• Annotation.