Les microsporidies sont des eucaryotes primaires dont le nombre d'espèces connues est d'environ 700. Dépourvues de mitochondries les microsporidies sont toutes des parasites intracellulaires d'autres eucaryotes (du protozoaire en passant par les insectes les poissons et jusqu'à l'homme). Le rôle des microsporidies dans certaines pathologies humaines a été signalée vers la fin des années 50, mais c'est dans les années 80, avec l'avènement de la maladie du SIDA et l'utilisation des immuno-suppresseurs lors des greffes, que l'association entre les microsporidies et certaines infections opportunistes a été démontrée. Depuis, des cas d'infection chez des sujets non immuno-déprimés ont été décelés.

Encephalitozoon cuniculi est responsable chez l'homme et chez d'autres vertébrés des pathologies du système nerveux, du système respiratoire et du système digestif. Cette espèce est dotée d'un génome extrêmement compact (le plus petit génome eucaryote décrit à ce jour) d'environ 2,9 Mbase, génome organisé en onze chromosomes. Le séquençage total du génome est entreprise en utilisant une banque plasmidique et en séquençant les extrémités d'une banque de BACs. Les résultats permettraient d'une part d'ouvrir des voies nouvelles dans les traitement des infections par les microsporidies et d'autre part, de mieux situer les microsporidies dans la classification des eucaryotes. La séquence du génome d'Encephalitozoon cuniculi est une collaboration entre le Genoscope et l'équipe de recherche du Professeur Christian Vivares (Laboratoire de Protistologie Moléculaire et Cellulaire des Parasites Opportunistes, Université Blaise Pascal, Aubière, France)