Le génome de la cyanobactérie marine Prochlorococcus marinus SS120 est composé d'un unique chromosome circulaire de 1,75 Mb; son contenu moyen en G+C est de 36,4%. Ce faible GC% a été un avantage lors de la phase de clonage: la souche SS120 ne peut en effet être cultivée de façon axénique, et croît avec un organisme contaminant au GC% très différent, autour de 60%. On a donc recherché les conditions de clonage et les tailles d'insert qui minimisaient la proportion de clones à haut GC%. La contamination était la plus faible pour des inserts de 7 et 10 kb. Deux banques ont donc été construites avec des fragments génomiques de ces tailles dans le vecteur à faible nombre de copies pCNS, et le séquençage aux deux extrémités des inserts a livré 38 765 lectures. Au total, près de 23 500 lectures ont été utilisées dans l'assemblage, soit une profondeur de 8 X. Les trous et les régions de moindre qualité dans la séquence assemblée ont fait l'objet d'un travail de finition. L'intégrité de la séquence finie a été vérifiée par comparaison des profils de restriction théorique et expérimental pour deux enzymes. L'annotation a été prise en charge par les membres du consortium (voir la page principale).