Notre mission

La thématique principale de l'équipe R&D Bioinformatique et Séquençage est le traitement des données issues des séquençeurs nouvelle génération. Le groupe interagit avec le laboratoire de séquençage, l'équipe développement technologique (développement de nouveaux protocoles et mise en place de nouveaux séquençeurs), et les équipes de recherche. Les missions sont multiples : la mise en forme des données produites par les séquençeurs, le contrôle qualité des données, l'assemblage de génomes et de transcriptomes, l'annotation de génomes eucaryotes.

Veille technologique

L'équipe R&D Bioseq est en interaction étroite avec l'équipe développement technologique afin de développer de nouveaux protocoles qui répondent aux besoins des analyses bioinformatiques sous-jacentes (metagenomique, transcriptomique, assemblage, annotation ...).

Contrôle Qualité

L'équipe R&D Bioseq a mis en place un processus de contrôle qualité des données issues des séquenceurs. Ce contrôle est basé sur des métriques identifiées en fonction des différentes technologies de séquençage et des types d'analyses bioinformatiques sous-jacentes.

Assemblage

A partir de collections de lectures aléatoires d'un projet de séquençage de génome, dit WGS (Whole Genome Shotgun), l'étape d'assemblage a pour but de reconstituer la séquence des chromosomes de l'organisme étudié.

Annotation

L'annotation a pour objectif de définir le long des séquences assemblées la structure des gènes, c'est-à-dire leurs positions de début et de fin, ainsi que celles de leurs exons.

Visualisation

Les résultats des différentes analyses sont stockées dans une base de données et sont accessibles par les collaborateurs par une interface dédiée, un navigateur GGB (Generic Genome Browser).

Workflow appliqué aux données générées.
Workflow appliqué aux données générées.




 

 
(Extrait du GGB de la vigne) Annotation d'un locus du K11 de la vigne.
(Extrait du GGB de la vigne) Annotation d'un locus du K11 de la vigne.

notre équipe

L'équipe R&D en Bioinformatique et Séquençage est composée d'une vingtaine de bioinformaticien(ne)s. Cette équipe fait partie du Laboratoire d'Informatique Scientifique du Genoscope, qui est intégré à l'Institut de Biologie François Jacob du CEA.

Jean-Marc Aury

Responsable d'équipe

Frédérick Gavory

Production

[CNRGH-LBI]
Paul Mielle

Production

Stefan Engelen

Production, Evaluation technologies de séquençage

Caroline Belser

Evaluation technologies de séquençage

Arnaud Couloux

Assemblage

Benjamin Istace

Assemblage, Longues lectures et Oxford Nanopore

Benjamin Noel

Annotation

Marc Wessner

Annotation

Corinne Da Silva

Transcriptome, Annotation

Simone Duprat

Assemblage

Salima Kritli

Transcriptomique

France Denoeud

Annotation

Eléanore Lacoste

Assemblage

nous rejoindre

Les stages proposés pour l'année 2022 seront affichés ici. Les anciennes offres sont ici : voir archives

Informations complémentaires sur les stages

Durée : 6 mois

Date de validité : /

Rémunération : À partir de 700e brut (selon type d'étude) + tickets restaurant et éventuellement une aide au logement ou transport.


Merci de nous envoyer vos CV et lettre de motivation par mail.


Adresse:

Institut de Génomique - Genoscope
2 Rue Gaston Crémieux
91000 Évry, FRANCE