Crassostrea gigas

    L'huître creuse Crassostrea gigas présente une répartition géographique très vaste et constitue la production annuelle la plus élevée de tous les organismes aquatiques. L'importance économique de l'huître C. gigas a motivé le développement de recherches concernant la biologie de cette espèce et constitue l'une des principales justifications scientifiques du séquençage de données d'expression (EST). Les autres justifications de ce programme sont liées au fait qu'appartenant au groupe des Lophotrozoaires, ce mollusque bivalve se situe à une position phylogénétique clé, représentant des organismes pour lesquels relativement peu de données moléculaires sont actuellement disponibles. Compte tenu de sa haute fécondité et du haut degré de polymorphisme de séquence de son ADN, l'huître creuse constitue un modèle animal intéressant pour la biologie et la génétique des populations. Par ailleurs, l'huître creuse se révèle aussi une espèce sentinelle de choix pour comprendre l'évolution des écosystèmes côtiers et estuariens, milieux de plus en plus anthropisés où les populations d'huîtres sont exploitées et où elles subissent des mortalités liées aux maladies et aux stress.

La collection de données d'expression générées dans le cadre de ce programme constituera une source unique pour :

• caractériser de manière plus directe des gènes d'intérêt pour l'étude des principales fonctions physiologiques (croissance, reproduction et développement, immunité) et générer des marqueurs moléculaires fonctionnels. Ces marqueurs pourront contribuer à des programmes d'amélioration de l'espèce par sélection génétique.
• des analyses phylogénétiques en comparant les séquences générées avec celles de gènes orthologues d'autres mollusques, d'autres Lophotrochozoaires ou d'autres animaux bilatériens.
• compléter une puce à ADN actuellement constituée de 9059 séquences uniques. La puce ainsi complétée, plus représentative du transcriptome de l'huître, sera très utile dans le cadre de programmes en cours visant à analyser les variations globales d'expression transcriptionnelle. Ces investigations devraient générer une représentation intégrée des réseaux de gènes activés dans le cadre de contraintes écophysiologiques (en milieu contrôlé ou dans l'écosystème) mais aussi permettre l'identification de réseaux de gènes associés à des processus physiologiques importants.
• identifier des SNPs dans le cadre d'études génétiques de populations expérimentales ou sauvages et pour la cartographie génétique.
• l'identification des séquences étiquettes produites par SAGE.
• soutenir le projet de séquençage complet du génome porté par un consortium international.