Le Genoscope entreprend le séquençage du génome complet de la bactérie Flavobacterium branchiophilum, pathogène responsable de la "maladie des branchies" qui affecte principalement les salmonidés.

La taille du génome de F. branchiophilum est estimée à 2,8 Mb. Le génome sera séquencé par la méthode de shotgun à partir de deux banques plasmidiques - inserts de 5 kb et 10 kb respectivement clonés dans les plamides multi copies pcdna2.1 et à faible nombre de copies pCNS - et d'une banque de fosmides (inserts de 40 kb dans pCC1Fos).

Le séquençage des deux extrémités d'environ 18 500 clones de la banque plasmidique petits inserts, 6 000 clones de la banque plasmidique grands inserts et 3 000 clones de la banque fosmidique devrait aboutir à un volume de 55 000 lectures offrant une couverture de 12 équivalents génome.

Le shotgun sera suivi d'une étape d'assemblage puis de finition de la séquence selon les critères de qualité en vigueur au Genoscope.