Les Enterocoques (Streptocoques du groupe D par classification sérologique de Lancefield) sont largement présents dans la nature et impliqués dans un large spectre d'interactions avec l'hôte. Ils sont des occupants commensaux du tractus intestinal des humains et animaux, sont utilisés dans la préparation de certains types de fromage et saucisse. Mais ils sont aussi reconnus comme des agents responsables d'infections nosocomiales causées par la nourriture. Depuis l'identification d'Enterocoques résistants à la vancomycin (VRE) comme l'un des agents pathogènes nosocomiaux des années 90, ce groupe est l'objet d'un suivi intensif par approches génétiques tel que le MLST et le séquençage génomique. Suite au premier séquençage du génome de E.faecalis (Paulsen et al, 2003), le séquençage génétique de deux souches cliniques de E. faecalis et trois de E. faecium sont en cours.

En 15 ans, E. faecium, omniprésent chez les humains et les animaux, tout d'abord considéré comme un commensal avirulent, est maintenant reconnu comme le 3ème pathogène nosocomial le plus répandu en soins intensifs aux Etats-Unis. Mais l'absence d'une séquence génomique entièrement annotée entrave les études sur l'évolution et la virulence de l'E.faecium (Leavis et al,2007).

Références:

• Paulsen et al Science. 2003 Mar 28;299(5615):2071-4
• Leavis H et al , 2007, PLOS Pathogens 3(1): e7. doi:10.1371/journal.ppat.0030007
• Botina S.G. and Sukhododolets V.V., 2006, Genetika 42:325-30