Le Genoscope est l'un des six groupes participant à l'AGI (Arabidopsis Genome Initiative), dont le but est de terminer la séquence complète du génome d'Arabidopsis thaliana pour la fin de l'an 2000.

Le Genoscope est impliqué dans ce projet par :

1. La détermination, en collaboration avec l'Université de Pennsylvanie, membre du Consortium SPP, et le centre de séquençage TIGR, des séquences d'extrémités des clones de chromosomes bactériens artificiels (BAC) provenant des banques TAMU et IGF.
2. La coordination d'un projet européen dont le but est de séquencer l'intégralité du bras court du chromosome 3.
3. Le séquençage, dans le cadre du projet européen, d'une région du bras court du chromosome 3 représentant une taille de l'ordre de 1 Mbase.