Les Oomycètes ont longtemps été classés parmi les champignons, mais ils en sont éloignés phylogénétiquement et se rapprochent des diatomées et algues brunes. De par leur position taxonomique et leurs propriétés biologiques (spores mobiles, paroi cellulosique, métabolisme spécifique...), les mécanismes du pouvoir pathogène des oomycètes ne peuvent être déduits directement de ceux des champignons filamenteux Fungi, et sont mal connus.
La comparaison des données de séquences obtenues sur les oomycètes (Phytophtora) et champignons phytopathogènes (Magnaporthe grisea, Fusarium graminearum, Botrytis cinerea,...) a confirmé cette grande divergence.
Récemment, le séquençage du génome a été entrepris aux USA sur trois oomycètes exclusivement phytopathogènes et représentant seulement les Peronosporales (Phytophtora). Le genre Aphanomyces, membre des Saprolégniales, occupe une position originale au sein des Oomycètes, et il est le seul qui, selon les espèces, est responsable de maladies affectant soit des végétaux, soit des animaux. Aphanomyces euteiches est un parasite majeur de différentes légumineuses dont le pois fourrager, la luzerne, le trèfle, et menace la production de protéines d'origine végétale dont la demande est en constante augmentation.

L'acquisition de données de séquences d'Aphanomyces est donc justifiée par sa position taxonomique distincte, la diversité de ses hôtes d'interaction et son impact sur l'agriculture. De plus, la capacité d'A. euteiches d'infecter la légumineuse modèle Medicago truncatula renforce l'intérêt d'utilisation de ce microorganisme pour l'étude des interactions plantes-parasites.