M. abscessus, récemment reconnu comme un pathogène pulmonaire dans le cas des fibroses cystiques, n'est sensible qu'à quelques médicaments et est responsable d'une pseudo-tuberculose sévère. Par hybridation soustractive entre M. abscessus (CIP 104536T) et l'espèce très proche M. chelonae (CIP 104535T), des ORFs spécifiques de M. abscessus, homologues de gènes impliqués dans la pathogénicité de M. tuberculosis, et incluant des membres de la famille pks, ont récemment été identifiées. Ceci suggère la présence de régions et de gènes de pathogénicité dans le génome de M. abscessus.
Le but de ce projet est:

• d'identifier et cartographier ces régions par comparaison entre les génomes de M. abscessus et M. chelonae ;
• de poursuivre l'analyse de ces régions.

Dans ce but, le Genoscope entreprend le séquençage de la souche de M. abscessus CIP 104536T (=ATCC 19977T, abcès de genou, 1953) et de la souche de M. chelonae CIP 104535T (=ATCC 35752T, tortue, 1921), qui ont été utilisées dans l'étude d'hybridation soustractive citée précédemment. Chaque génome sera séquencé à une profondeur de 12X à partir de trois banques: une banque d'inserts de 3 kb clonés dans le vecteur plasmidique multicopie pNAV, une banque de 10 kb dans le vecteur plasmidique pCNS (faible nombre de copie) et une banque de miniBAC (inserts ~30kb) dans le vecteur pBBC (dérivé de pBeloBAC11).
Le shotgun devrait aboutir à environ 150 000 lectures. Une étape de finition permettra d'augmenter la qualité des séquences obtenues.