Le projet de séquençage porte sur des régions représentatives du génome du blé afin de comparer les différentes espèces de Triticum diploïdes (T. monococcum et T. taischii), tétraploïdes (T. durum) et hexaploïdes (T. aestivum). Le projet se fera en utilisant les ressources de banques BAC françaises du blé hexaploïde (Renan et Chinese Spring) et les banques BAC chromosomes spécifiques (URGV), ainsi que les ressources BAC des espèces diploïdes et tétraploïdes fournies par l'université de Davis et le CSIRO. Ces différentes banques BAC sont constituées de plus de 3 millions de clones au total. Elles ont été organisées de manière à facilement les exploiter et identifier les clones d'intérêt soit par PCR sur pools de clones BAC, soit par hybridation sur des filtres haute densité en 6 x 6 (42 600 clones en dupliquât par filtre de 22 x 22 cm).

Le Genoscope entreprend le séquençage comparatif des régions portant des gènes et séquences d'intérêt qui ont joué un rôle clé dans la domestication du blé et contribué ainsi à la fondation des premières civilisations humaines.
Environ 100 clones BAC d'une taille moyenne de 130 kb seront nécessaires pour ce projet (6 clones BAC par région) ce qui amène à un volume de séquencage d'environ 20 000 lectures.
La finition des séquences sera assurée au Genoscope.