Une des principales préoccupations de toute la filière cacao est de pouvoir assurer une production durable en plantant des cacaoyers productifs, donnant un cacao de qualité et résistant aux maladies (Crinipellis perniciosa en Amérique latine et Phytophora megakarya en Afrique engendrent des pertes de plus de 50% de la récolte).

Le cacaoyer (Theobroma cacao), qui a un petit génome de 390 Mb, est sans doute un des arbres fruitiers dont le génome est le plus étudié. Il fait partie des plantes pour lesquelles une équipe française est leader incontesté en matière de génomique. De nombreux QTL liés à des caractères d'intérêt ont déjà été identifiés et les marqueurs qui les encadrent permettent de mettre en oeuvre une sélection assistée par marqueurs (SAM).
Cependant, ces marqueurs restent spécifiques des parents étudiés. L'objectif de cette étude est maintenant de connaître les gènes en cause, afin de disposer de marqueurs « universels » situés dans les gènes impliqués et pouvoir faire une SAM plus efficace. La variabilité allélique des gènes d'intérêt au sein de l'espèce pourra être connue et les nouveaux allèles les plus performants identifiés.

Des études de génomique fonctionnelle s'appuyant sur une collection aussi large que possible de cDNA de cacaoyer sont maintenant devenues incontournables pour aborder efficacement ces thèmes de recherche. La disposition d'une grande collection de cDNA pleine longueur permettra d'aborder plus rapidement les analyses structurales et fonctionnelles des gènes et de leurs produits.
Les grandes banques de séquences cDNA sont rares chez les arbres et ont généralement été réalisées à partir d'EST. Aucun arbre fruitier ne dispose à ce jour d'une très large collection de séquences de cDNA. Theobroma cacao pourrait ainsi devenir l'espèce modèle « arbre fruitier » la plus étudiée au niveau génomique.