La taille du génome d'Ectocarpus siliculosus a été estimée à 214 Mb. Le séquençage aléatoire global sera mené par le Genoscope à hauteur de 10 équivalents génomiques, soit un volume d'environ 4 300 000 lectures à partir de plusieurs banques plasmidiques construites au Genoscope et comprenant des inserts de tailles différentes (3 et 10 kb).

Le Genoscope réalisera en parallèle le séquençage de 100 000 ADNc issus de banques construites à partir de différents stades : sporophytes jeunes et matures, gamétophytes jeunes, protoplastes.