Du point de vue économique, les agrumes représentent la première production fruitière mondiale avec 95 millions de tonnes produites par an. Le bassin méditerranéen représente à lui seul 20% de la production avec un producteur majeur : l'Espagne.

De par leur constitution en micronutriments (vitamine C, caroténoïdes, polyphénols), les agrumes contribuent à l'équilibre nutritionnel tant pour les populations du Nord que pour celles du Sud. Les qualités nutritionnelles et organoleptiques sont ainsi des composantes importantes des projets de sélection au plan international. Cette filière est confrontée à des pressions biotiques et abiotiques croissantes et le changement global du climat augmente le risque de l'extension dans le Bassin Méditerranéen de maladies émergentes dans les zones chaudes.

Dans le cadre du développement de systèmes de protection intégrée, la création de variétés et porte-greffes associant des tolérances à ces contraintes et la qualité des productions constitue un enjeu majeur. Compte tenu de la longueur de la phase juvénile (entre 5 et 10 ans) et de l'encombrement des descendances, la connaissance des déterminismes physiologique et génétique des caractères sélectionnés et le développement de marqueurs précoces de sélection sont essentiels.
Comparativement à son importance économique, le dispositif international de recherche sur les agrumes est sous-dimensionné et l'établissement de collaborations étroites entre les équipes apparaît nécessaire. La mise en place, en cours, d'un consortium international sur le séquençage et la génomique des agrumes va dans ce sens. Le présent projet s'inscrit dans les travaux de biologie intégrative entrepris par les équipes françaises et espagnoles dans les domaines de la réponse au stress abiotique, de l'élaboration de la qualité et de la biologie du développement au sein d'équipes pluridisciplinaires engagées sur des projets de création de nouvelles variétés et porte-greffes. Il devrait contribuer au développement d'un pôle Européen de recherche en agrumiculture et à un bon positionnement des équipes françaises au sein du consortium international sur la génomique des agrumes.