Les génomes des souches PG2 et 5632 de Mycoplasma agalactiae ont tous deux une taille d'environ 950 kb avec un G+C% voisin de 30%. Afin d'obtenir une profondeur de 10X, avec une longueur moyenne de lecture de 650 pb, le Genoscope effectue 14  000 lectures environ pour chaque génome. Ces lectures sont effectuées à partir de deux types de banques :

1. D'une part, deux banques construites à partir de produits de cassure mécanique du génome (appareil HydroShear) : des fragments d'environ 3 kb clonés dans le vecteur pcdna 2.1 (5 000 clones séquencés aux deux extrémités) et des fragments d'environ 10 kb clonés dans le vecteur pcns (1 000 clones séquencés aux deux extrémités).
2. D'autre part, des fragments d'environ 20 kb, issus de la digestion partielle de chaque génome par Sau3A, sont clonés dans le vecteur miniBAC pBBc : 1 000 clones de cette banque seront séquencés aux deux extrémités. Les liens clones apportés par ces séquences seront utiles lors de la phase d'assemblage. La phase de finition conduira à une séquence de qualité conforme aux règles des Bermudes.