Le génome de Synechococcus sp WH7803 a une taille de 2,37 Mb et un GC% de 60,2%. On estime que les caractéristiques du génome de Synechococcus sp RCC307 sont du même ordre de grandeur. La première souche est axénique et la seconde contient un contaminant bactérien (non photosynthétique) en faible concentration. Pour chaque génome, la stratégie de séquençage consiste à construire trois banques aux tailles moyennes d'insert de 3 kb (vecteur pCDNA2.1, haut nombre de copies), 10 kb (vecteur pCNS, faible nombre de copies) et 20 kb (miniBACs). Chacun des deux génomes sera séquencé à une profondeur de 10X.
L'annotation est prise en charge par les membres du consortium (voir la page principale).