Le Genoscope procède au séquençage aléatoire global du génome du tunicier Oikopleura dioica, dont la taille a été estimée à 72 Mb par cytométrie de flux. Deux banques aux tailles d'insert de 3 et 10 kb ont été construites à partir du sperme de quelques centaines de mâles issus de 15 générations de croisements frère-soeur. Le matériel utilisé devrait donc posséder un degré élevé d'homozygotie : parmi les projets de séquençage d'espèces animales, seuls les projets consacrés aux espèces modèles majeures (drosophile, souris, Caenorhabditis elegans) ont jusqu'ici profité d'un tel avantage. Le Genoscope va effectuer un total de 1 000 000 lectures début 2004 sur ces deux banques (3/4 sur la première et 1/4 sur la seconde) pour atteindre une profondeur de 10 X. Un premier assemblage sera effectué à une profondeur de 3 X.

L'équipe de Daniel Chourrout, du centre Sars à Bergen, en Norvège, dispose d'une banque de 9216 clones BAC (couverture de 15-20 X) aux inserts d'une taille moyenne de 135 kb. Le Sars a commencé un travail de cartographie physique (fingerprinting) sur ces clones, dont le séquençage des extrémités est également en cours au MPIMG. Ces ressources assisteront sans doute la phase d'assemblage finale.

L'annotation de la séquence génomique d'Oikopleura dioica sera facilitée par la densité très élevée en exons. Le Genoscope procédera à une annotation automatique, en profitant des ressources de génomique comparative offertes par la disponibilité d'une ébauche de la séquence du génome d'un autre tunicier, Ciona intestinalis, et aussi d'une petite collection d'EST d'Oikopleura dioica (un peu plus d'un millier de clones).