Les insectes possèdent un système immunitaire très efficace qui présente de très fortes similarités avec les mécanismes mis en jeu dans la réponse immunitaire innée (non adaptative) des mammifères. En réponse à une agression microbienne, le corps gras de l'insecte (analogue au foie des mammifères) synthétise toute une batterie de peptides possédant de fortes activités antibactériennes ou antifongiques.

Les travaux en cours visent à identifier des souches bactériennes qui peuvent infecter naturellement la drosophile et caractériser les mécanismes impliqués dans le phénomène de pathogénicité.
A partir d'une recherche de bactéries provenant soit de fruits en décomposition, soit de drosophiles adultes ou larvaires mortes, une espèce bactérienne, qui non seulement induisait une forte réponse immunitaire mais qui était aussi létale pour la drosophile, a été isolée, Pseudomonas L48. D'après la séquence de son ARN ribosomique 16S, cette souche appartient au groupe de Pseudomonas putida et est très apparentée à Pseudomonas mosselii.
Les bactéries du genre Pseudomonas présentent une très grande diversité phénotypique, génomique et génétique. Ces bactéries sont capables d'utiliser de nombreux composés organiques comme source de carbone. De plus, certaines souches sont résistantes à beaucoup d'antibiotiques, phénomène amplifié par la sélection pharmacologique. De nombreuses espèces sont pathogènes pour des organismes tels que l'homme (P. aeruginosa) ou des plantes (P. fluorescens).
Grâce aux outils génétiques disponibles chez les bactéries Pseudomonas, l'analyse des facteurs impliqués dans l'infection et la pathogénicité de cette bactérie a été entreprise. Cette recherche a été initiée en développant une méthode de mutagenèse aléatoire en utilisant des dérivés du transposon Tn5. A ce jour, le test de 2500 clones a permis de sélectionner 21 mutants indépendants; nous estimons que cette mutagenèse permettra l'obtention d'environ 50 mutants affectés dans l'interaction avec la drosophile. L'étude du contrôle des processus physiologiques impliqués lors des interactions entre l'hôte et son pathogène facilitera la caractérisation des facteurs de virulence de ce groupe de pathogènes important ainsi que l'identification de leurs cibles chez la drosophile. La détermination de la séquence complète du génome de cette souche aidera considérablement l'analyse génétique de cette bactérie et permettra aussi bien le développement d'outils génomiques que l'étude de la relation phylogénétique de cette souche avec les autres Pseudomonacées.