Les bactéries du genre Streptomyces présentent un cycle de différenciation morphologique complexe accompagné de la production de nombreuses enzymes extracellulaires ainsi que de métabolites secondaires. Ceux-ci présentent une grande diversité structurale et fonctionnelle (antibiotiques, insecticides, herbicides, antiviraux?)..

Leur génome fait partie des plus grands génomes bactériens (8 Mb). L'ADN génomique qui est linéaire, présente une forte teneur en bases G+C (72%) et contient un grand nombre d'éléments génétiques mobiles originaux comme les éléments intégratifs.

Ces bactéries présentent un phénomène d'instabilité génétique résultant d'instabilité télomérique. Des réarrangements génomiques définissent une grande région non essentielle dans les conditions de laboratoire. Des gènes impliqués dans la synthèse de métabolite secondaire (PKS) ou de régulation de l'expression génique ont été identifiés dans les régions terminales du chromosome. De plus l'analyse des réarrangements génomiques et du polymorphisme intra et interspécifique de ces régions suggère que des échanges d'information génétique y soient fréquents. Par contraste, les régions plus internes du chromosome présentent un plus fort degré de conservation génétique.

Le projet comprend le séquençage des régions terminales du chromosome de S. ambofaciens (2,6 Mb soit environ 25% du génome total). L'objectif est l'identification des fonctions codées par ces régions et la comparaison des séquences de S. ambofaciens avec celle de l'espèce apparentée S. coelicolor A3(2). Cette analyse apportera des éléments essentiels, à fort impact économique, pour comprendre l'impact des flux de gènes (recombinaison, nouvelle information et remaniement de l'existant) sur l'évolution du génome des Streptomyces ainsi que sur l'expression du métabolisme.

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