L'UMR 8030 "Génomique Métabolique" (CNRS - Genoscope - Université d'Evry) est la structure de recherche fondamentale du Genoscope-Centre national de séquençage. Initialement, la thématique principale de l'unité fut étroitement liée à l'activité de séquençage du Genoscope. Elle a principalement porté sur l'analyse de la séquence de grands génomes ou de segments de grands génomes déterminée au Genoscope, mais aussi sur l'analyse de génomes procaryotes. Aujourd'hui l'UMR et Genoscope poursuivent ces analyses et développent des outils informatiques dans ce but. L'annotation des séquences de génomes procaryotes et eucaryotes reste une des activités maîtresses de l'UMR. Les analyses sont à présent surtout menées sous forme de collaborations avec des équipes académiques à l'origine de projets de séquençage de toute nature (génomes, régions génomiques, cDNAs, ESTs etc.).

L'UMR de Génomique Métabolique a entrepris de prolonger les annotations de séquence in silico par des approches expérimentales en particulier dans le domaine des enzymes du métabolisme.

L'UMR Génomique Métabolique est constituée de 5 équipes : deux d'entre elles (Projets Cloaca maxima et Thesaurus métabolique) ont des finalités essentiellement biologiques et les trois autres (Atelier de génomique comparative, analyses de séquences de génomes eucaryotes et l'équipe "Réseaux métaboliques") s'intéressent à divers aspects de la bioinformatique (analyse des séquences, évolution de génomes, modélisation du métabolisme).

Le projet Cloaca maxima consiste à intensifier l'inventaire des gènes procaryotes codant des enzymes du métabolisme. La très grande majorité des procaryotes non cultivés peut être explorée par une approche de métagénomique s'appuyant sur le séquençage. dans ce projet, nous nous intéressons aux flores procaryotes impliquées dans diverses étapes de l'épuration des eaux. Ce projet vise à mieux connaître les voies métaboliques et les enzymes à l'œuvre dans le traitement des eaux.

Un projet Thesaurus métabolique porte sur l'exploration systématique des fonctions métaboliques d'Acinetobacter ADP1, une espèce présentant des avantages particuliers en terme d'analyse. Une collection de mutants où chaque gène est inactivé par l'insertion d'un marqueur de sélection a été constituée.

Un groupe de modélisation (Réseaux métaboliques) développe et applique des méthodes pour la reconstruction de modèles métaboliques à partir de données expérimentales (notamment celles issues du projet Thesaurus métabolique), et pour l'analyse des capacités métaboliques de ces modèles. Ce groupe construit en particulier un modèle qualitatif du comportement métabolique global d'Acinetobacter.

L'UMR8030 est une structure quelque peu atypique qui comprend un nombre relativement modeste de chercheurs permanents (3 enseignants-chercheurs et 7 chercheurs statutaires) et qui s'appuie sur l'infrastructure technologique que lui fournit le Genoscope aussi bien pour les finalités biologiques que pour les traitements informatiques des données.