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Le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM), est un groupe de bioinformatique qui développe des outils destinés à l’annotation et à l’analyse de génomes bactériens, tout en participant activement à différents projets d’annotation de génomes nouvellement séquencés, ou la réannotation de génomes publiés.


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Localisé au sein du Centre National de Séquençage (Genoscope), le LABGeM est à la source même des données de séquences procaryotes produites par le centre. Les récents développements, réalisés dans le cadre de projets d’annotation spécifiques (en particulier des bases de données multigénomes intégrant l’ensemble des résultats de méthodes d’annotation et d’analyses comparatives, ainsi qu’une interface graphique Web d’annotation appelée MaGe), trouvent un écho tout à fait favorable au sein de la communauté des biologistes. Les demandes, en terme de projets d’annotation et de réannotation de génomes bactériens étant de plus en plus nombreuses, le groupe LABGeM souhaite développer, avec l’équipe informatique du Genoscope, une infrastructure informatique performante permettant de répondre à ces demandes.

Le présent projet a pour objectif d’offrir à la communauté des "Procaryotistes" un service destiné à la construction de base de données pour l’annotation et la ré-annotation de génomes bactériens complets. Ces bases thématiques reposent sur une base de données relationnelle multigénomes PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), qui contient les données d’annotation de génomes bactériens publiés. Ces données sont aussi enrichies de nos résultats d’annotation syntaxique (i.e, des gènes « putatifs » absents des banques de séquence, ou au contraire des gènes annotés par « erreur ») et de résultats de génomique comparative (i.e, recherche d’orthologues et de groupes de synténie).

Les axes prioritaires de ce service sont les suivants :

- Le développement et la maintenance, à partir de l’instance PkGDB, des bases de données thématiques liées à chaque projet d’annotation ou de ré-annotation.
- Le développement d’un « pipeline » automatique d’annotation facilitant l’intégration des données d’analyse dans les bases.
- La mise en oeuvre d’une infrastructure informatique performante, visant à l’optimisation de l’architecture de la base de données et des requêtes, la gestion des mises à jour des données, et l’optimisation du serveur Web des bases de données.
- La formation et l’assistance à tous les utilisateurs aux outils d’analyses utilisés pour l’annotation syntaxique et fonctionnelle, et à l’interface d’annotation MaGe.



   Crédits       Mentions Légales   
 
 
 
2005-2014 puce Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM) puce
Tél. 33 (0)1.60.87.84.59