Site du Genoscope

Autres serveurs de ressources bioinformatiques

webmaster — 2006-11-29T18:50:00Z

Carte génétique humain, données supplémentaires (Nature 1996)

NCBI

Genbank : GenBank® est une base de données de séquences d'ADN librement accessible (page d'acceuil du NCBI). Elle contient les séquences de plus de 170 000 organismes différents. Sa couverture est mondiale et ses mises à jour sont quotidiennes et disponibles par ftp.
UniGene permet aux chercheurs de parcourir des bibliothèques d'ADNc par étapes de développement, de tissus, de visualiser des profils d'expression, etc.

COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins). Cette base de donnée de groupes de protéines orthologues est une tentative de classification phylogénique des protéines codées dans les génomes. Chaque COG inclut les protéines qui sont considérées comme orthologues. 138 458 protéines sont réparties en 4873 COGs. La base de donnée est riche de 50 génomes bactériens, 13 génomes d'Archées et de 3 génomes eucaryotes unicellulaires.

EMBL Nucleotide Sequence Database Cette base de donnée de séquences nucléotidiques est maintenue par l'institut Européen de Bioinformatique (EBI), en collaboration avec le DDBJ (Banque de donnée de séquence ADN du Japon), et de GenBank (NCBI, USA). De nouvelles versions sont proposées chaque trimestre.

Ensembl : Ensembl est un projet commun entre EMBL-EBI et le Sanger pour développer l'annotation automatique sur les génomes de métazoaires.

TIGR Gene Indices : Les « Expressed Sequence Tags »(ESTs) ont fourni un premier aperçu de la collection de séquences transcrites dans un grand nombre d'organismes.. Une analyse peut fournir des informations fonctionnelles, structurales ainsi que sur l'évolution.

ASDB - Alternative Splicing Database : Cette base de données d'épissage alternatif se compose d'une base de données proteique et une base nucléotidique. Les données de protéines de SwissProt sont regroupées dans des clusters qui correspondent aux différentes variantes d'un gène épissé. La base nucléotidique comprend les gènes entiers, annotés dans GenBank avec en prime les informations sur l'épissage alternatif. L'interrogation de la base permet de faire le lien entre tous les variants à travers SwissProt and GenBank.

Ressources bioinformatiques

2007-01-20T10:36:29Z

- Ressources

Ressources bioinformatiques du Genoscope

2007-04-24T14:14:57Z

Les ressources bioinformatiques sur les organismes sont de plusieurs types :

Blast (Article, Lien) pour Basic Local Aligment Search Tool : méthode de comparaison de séquence d'ADN ou de protéines.
GGB pour Generic Genome Browser (Article, Lien) : interface graphique pour les diverses bases de données (sequence, annotation, synthénies...) sur un organisme.
MaGe pour Magnifying Genomes Microbial (Article, Lien) : système d'annotation de génomes de microorganismes.

Organisme	Projet	Serveur	Article	mise à jour
Procaryotes :		MaGe
Acinetobacter baylyi ADP1	Séquençage aléatoire global	GGB	2008	2008
Eucaryotes :
Arabidopsis thaliana	Chromosome 3	GGB	2000,	2004
	cDNA	GGB	2004	2004
Homo sapiens	Chromosome 14	GGB	2003	Fev. 2003
	Splicing alternatif	GGB	2006	Mai 2006
Oïkopleura dioica	Séquençage aléatoire global	GGB	2006	Oct. 2006
Paramecium tetraurelia	Séquençage aléatoire global	GGB	2006	Nov. 2006
Tetraodon nigroviridis	Séquençage aléatoire global	GGB	2004	Oct. 2004
Vitis vinifera	Séquençage aléatoire global	GGB	2007	Sept.07
Tuber melanosporum	Séquençage aléatoire global	GGB	2010	Mar.2010

Carte génétique humaine, données supplémentaires (Nature 1996)

2008-06-05T14:27:31Z

Ce tableau vous permet un accès direct à des données concernant l'article :

Dib C. et al, A comprehensive genetic map of the human genome based on 5,264 microsatellites. Nature. (1996) 152 -154 (14 ) ; doi:10.1038/380152a0.
Résumé de l'article | PDF (Liens vers le site de Nature. Pour accéder au document PDF, texte intégral, il est possible qu'il faille être abonné avec le groupe de publication de Nature.).

Chromosomes	Allèles	Données	Figures (PDF format)	séquences
Chr1	Allele Chr1	Data Chr1	Figure Chr1	Sequence Chr1
Chr2	Allele Chr2	Data Chr2	Figure Chr2	Sequence Chr2
Chr3	Allele Chr3	Data Chr3	Figure Chr3	Sequence Chr3
Chr4	Allele Chr4	Data Chr4	Figure Chr4	Sequence Chr4
Chr5	Allele Chr5	Data Chr5	Figure Chr5	Sequence Chr5
Chr6	Allele Chr6	Data Chr6	Figure Chr6	Sequence Chr6
Chr7	Allele Chr7	Data Chr7	Figure Chr7	Sequence Chr7
Chr8	Allele Chr8	Data Chr8	Figure Chr8	Sequence Chr8
Chr9	Allele Chr9	Data Chr9	Figure Chr9	Sequence Chr9
Chr10	Allele Chr10	Data Chr10	Figure Chr10	Sequence Chr10
Chr11	Allele Chr11	Data Chr11	Figure Chr11	Sequence Chr11
Chr12	Allele Chr12	Data Chr12	Figure Chr12	Sequence Chr12
Chr13	Allele Chr13	Data Chr13	Figure Chr13	Sequence Chr13
Chr14	Allele Chr14	Data Chr14	Figure Chr14	Sequence Chr14
Chr15	Allele Chr15	Data Chr15	Figure Chr15	Sequence Chr15
Chr16	Allele Chr16	Data Chr16	Figure Chr16	Sequence Chr16
Chr17	Allele Chr17	Data Chr17	Figure Chr17	Sequence Chr17
Chr18	Allele Chr18	Data Chr18	Figure Chr18	Sequence Chr18
Chr19	Allele Chr19	Data Chr19	Figure Chr19	Sequence Chr19
Chr20	Allele Chr20	Data Chr20	Figure Chr20	Sequence Chr20
Chr21	Allele Chr21	Data Chr21	Figure Chr21	Sequence Chr21
Chr22	Allele Chr22	Data Chr22	Figure Chr22	Sequence Chr22
ChrX	Allele ChrX	Data ChrX	Figure ChrX	Sequence ChrX

Plateforme d'identification de mutations humaines par séquençage à haut débit

2009-01-28T15:41:35Z

Modalités d'accès
Annexe scientifique
Formulaire de soumission
Projets sélectionnés

Lettre du 11 décembre 2008

L'identification des causes des pathologies humaines d'origine génétique est loin d'être achevée. Il reste en particulier à identifier les gènes les plus rarement impliqués. Ils n'en sont pas moins importants sur le plan scientifique et médical et cette identification reste une condition indispensable pour la compréhension des processus biologiques concernés. Les GIS Institut des maladies rares et IBiSA, les Instituts thématiques de l'Inserm de Génétique et Développement et de Neurosciences, neurologie, psychiatrie et le Genoscope - Centre national de séquençage du CEA - ont décidé de constituer une plateforme d'identification de mutations, ci-après dénommée la plateforme « mutations ». Cette plateforme utilisera une approche combinée d'enrichissement par hybridation et de séquençage à haut débit pour identifier des mutations rares dans des pathologies humaines. La plateforme sera utilisée en priorité pour les maladies monogéniques.

Modalités d'accès à la plateforme « mutations » :

Les projets seront portés exclusivement par des équipes académiques et pourront être envoyés tout au long de l'année. Les projets seront sélectionnés par un Conseil Scientifique qui se réunira tous les 3 mois.

La première réunion du Conseil pour évaluation des projets est prévue en Février 2009.

Chaque projet évalué favorablement bénéficiera de l'aide de la plateforme pour l'affinement de la stratégie à choisir en fonction des objectifs et du matériel disponible.

Pour les projets combinant capture suivie d'un séquençage haut débit, les équipes devront assurer le financement des lames de capture et des consommables nécessaires aux différentes étapes du projet. Des informations sont fournies en annexe à titre indicatif pour aider les équipes dans la préparation du design de leur projet.

Une journée d'information et de présentation des outils développés par le Genoscope a été organisée par la plateforme le 29 Janvier 2009 à 14 heures à l'ADR Paris 5, 2 rue d'Alésia, Paris 14, 1er étage, salle E1 10.
Les présentations de l'ensemble des intervenants sont disponibles aux liens suivants :
- Présentation de la Plateforme Mutation par François ARTIGUENAVE.
- Organisation de la prise en charge et du suivi des projets par Vincent MEYER.
- Evolution des méthodes de séquençage et organisation de la capture des séquences par Gabor GYAPAY.
- Séquençage : Présentation des résultats d'un projet pilote par Jean-Marc AURY.
- Le traitement bioinformatique et ses futurs développements par Marc WESSNER.

La plateforme d'identification de mutations du Genoscope peut être contactée à l'adresse suivante :
Plateforme Mutations

Les projets devront être envoyés par E-mail à : Sophie Koutouzov
Gis-Institut des Maladies Rares
Mail

Le formulaire pour la soumission des projets est maintenant disponible et téléchargeable directement depuis notre site, ainsi que sur les sites web du Gis-Institut des Maladies Rares et de l'INSERM.

(les renseignements scientifiques sont à lire page suivante)

Modalités d'accès
Annexe scientifique
Formulaire de soumission

Annexe scientifique

Les projets concerneront en premier lieu des maladies génétiques avec nombre d'échantillons réduit pour lesquels les gènes auront été localisés dans un intervalle physique de l'ordre de quelques mégabases (Mb). Ils pourront aussi concerner des cas sporadiques de maladies génétiques.

1/ Déroulement du projet :

A l'heure actuelle la méthode utilise une puce de 400000 oligos longs pour capturer la région ciblée. Les protocoles sont optimisés en sorte qu'une campagne de séquençage (machine 454) permette d'obtenir suffisamment de profondeur (10–15x) pour une cible d'environ 5 Mb de région continue ou d'environ 2,5 Mb de région fragmentée (par exemple : exons, promoteurs, enhancers). Techniquement, il est possible de capturer une région plus grande (dans la limite de la capacité de la puce) mais il faut alors augmenter le nombre de campagnes de séquençage pour obtenir la profondeur nécessaire.

Spécification des régions à séquencer
Les régions ou gènes candidats seront définis par les laboratoires proposant les projets et la description des régions soumises à une sélection par hybridation se fera en liaison avec la plateforme, selon un format ad hoc.
La définition des régions à séquencer requiert de préciser le chromosome, le début et la fin de la région, en utilisant soit les coordonnées de la version de « Genomic Builds for Human – HG18 » , soit la version de février 2009 (Genomic Builds for Human – HG19) que vous trouverez à l'url suivante : http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway.
Le format du fichier contenant la description des régions à séquencer sera établi comme suit : Trois colonnes séparées par « espace » : 1 chromosome ; 2 début de la région ; 3 fin de la région.
Par exemple :
17 38530280 38530657
17 38530814 38530994
10 90739206 90739316
10 90740268 90740643

Notes : Veuillez, SVP, bien préciser la version que vous avez utilisée (HG18 ou HG19) !

Capture de l'ADN, hybridation, amplification et séquençage
La capture des régions du génome spécifiées par l'équipe sera effectuée par des oligonucléotides longs (jusqu'à 385 000 oligos de 60 à 80 mer) immobilisés sur lames (type NimbleGen).
La qualité et quantité d'ADN requis doivent répondre aux critères suivants :
21 µg d'ADN à une concentration comprise entre 250 et 500 ng/µl. Le ratio A260/A280 doit être supérieur à 1.8 et A260/A230 doit être au moins de 1.9. L'ADN déposé sur un gel d'agarose doit montrer une bande de haut poids de moléculaire (sans « smear »).

Couverture et spécificité
La plateforme réalisera le séquençage de régions génomiques de taille variable, couvrant en général plusieurs dizaines de gènes, sur un individu unique ou un petit nombre de cas index. Dans l'état présent de la technologie, il est envisagé que le résultat d'une expérience d'enrichissement d'un ADN puisse fournir de 500 kb à 5 Mb qui pourront être séquencés.
Pratiquement, que peut-on attendre de cette méthode ?
A l'heure actuelle une campagne de séquençage permet d'obtenir environ 62-65 Mb de séquences qui s'alignent avec les régions ciblées. La figure ci-dessous illustre la relation entre la couverture moyenne et le pourcentage de la couverture des exons individuels (couverture totale ou partielle). A partir d'une campagne de séquençage (1 run), et pour un ensemble de régions d'un total de 5 Mb, on obtient une couverture moyenne de 12-13x avec, dans ce cas particulier, 90-93 % des exons touchés avec au moins une séquence et 80-85% des exons entièrement couverts.

Analyse des données Les données fournies consisteront en des séquences alignées à une séquence de référence et l'établissement d'un catalogue de différences par rapport à la séquence de référence et aux variants SNPs répertoriés. Les critères d'identification évolueront en fonction des différentes technologies de séquençage (Sanger, 454, Solexa) pour tenir compte des erreurs de lecture ou de couverture. Ces données seront transmises aux équipes proposant les projets, qui auront la responsabilité de les interpréter et de les rendre publiques. Une aide à l'interprétation sera fournie par le personnel de la plateforme.

2/ Matériel et cout :

Le séquençage sera effectué sur un des deux séquenceurs 454 Life Sciences Corporation-Roche : un GS FLX et un séquenceur nouvelle génération GS FLX Titanium, et éventuellement, plus tard, sur un appareil Solexa (Illumina).

Chaque projet devra disposer d'un financement pour ses consommables. Le cout dépendra de la taille des régions (gènes) candidates considérées et de l'échantillon de malades. Plusieurs « individus » peuvent être déposés sur une lame (dépendant de la longueur de l'ADN à séquencer). Les lames ne sont pas réutilisables.

A titre indicatif, le cout estimé actuellement d'une campagne de séquençage est d'environ 8,300 euros*.

*Le Gis-Institut des Maladies Rares prévoit, en association avec l'AFM, de lancer dans le courant du premier trimestre 2009 un appel d'offres « Séquençage à haut débit » en direction des équipes porteuses d'un projet « Maladies Rares. Le financement des projets sélectionnés, couvrira tout ou partie des consommables nécessaires au déroulement du projet. Les informations concernant cet appel d'offres seront transmises aux équipes maladies rares au tout début de l'année 2009.

Laboratoire de clonage et de criblage des activités de bioconversion

vberard — 2009-03-30T09:02:18Z

Équipe LCAB

La plateforme de clonage et de criblage enzymatique à haut débit a pour mission deux types de projets :

	o Projets « ORFéome » : construction d'ORFéome de bactéries (ORFeome d'Acinetobacter baylyi ADP1)
	o Projets « Biocatalyse » : recherche de biocatalyseurs par criblages à grande échelle de familles d'enzymes sur des panels de substrats potentiellement pertinents pour l'industrie

Projet de génomique fonctionnelle à grande échelle

Il y a quelques années, le Genoscope a commencé à mettre à profit son savoir faire en matière de « haut débit », pour développer des outils permettant des études à grande échelle de « génomique fonctionnelle » à des fins de recherche fondamentale (enrichissement de la connaissance sur la fonction des enzymes) ou de découverte de nouveaux biocatalyseurs utilisables en industrie. Ce projet s'intègre dans le désir du Genoscope de contribuer activement et massivement à l'inventaire des réactions chimiques catalysées par des enzymes microbiennes (UMR8030 « Génomique métabolique »), dont les séquences s'accumulent dans les bases de données publiques.

D'autre part, les enzymes dont la fonction est déjà caractérisée ont le plus souvent été étudiées dans un contexte métabolique particulier. Or, il a été montré, à de multiples reprises, que les enzymes sont moins spécifiques vis à vis d'un substrat qu'on l'imaginait et qu'il n'est pas rare qu'une enzyme soit bi-fonctionnelle ou qu'un substrat puisse être pris en charge par plusieurs enzymes du métabolisme à spectre larges (exemple : les déshydrogénases). De plus, le criblage d'enzymes, même de fonction dite « connue », sur des substrats non naturels devrait accroître le catalogue de réactions possibles par les enzymes même si l'activité détectée est marginale. En effet, l'efficacité de ces enzymes peut ensuite être accrue par différentes méthodes d'évolution (mutagénèse, évolution de souches,etc.).

Plateforme de clonage et de criblage enzymatique

Les enzymes candidates au criblage sont sélectionnées le plus souvent par homologie de séquences (homologies même faibles pour accroître la diversité) avec des protéines de référence (protéines connues pour réaliser une activité donnée).

Les gènes candidats sont amplifiés à partir de l'ADN de la collection de souches du Genoscope et du métagénome « Cloaca Maxima », puis clonés en format microplaque 96 puits selon une méthode de clonage qui s'affranchit des enzymes de restriction et de ligation (LIC).

Les gènes clonés sont ensuite surexprimés dans E. coli BL21 en macroplaques 96 puits avant préparation des lystas cellulaires. Le criblage enzymatique de ces plaques s'effectue en format microplaque 96 ou 384 puits sur un panel de substrats.

Cette plateforme, en activité depuis plus d'un an, a un débit actuel d'environ 5000 clonages/an.

Équipe LCAB

vberard — 2009-03-30T08:59:09Z

Projet LCAB

LABORATOIRE DE CRIBLAGE DES ACTIVITES DE BIOCONVERSION (LCAB)

Thème :

Etudes de « génomique fonctionnelle » à grande échelle à des fins de recherche fondamentale (enrichissement de la connaissance sur la fonction des enzymes) ou de découverte de nouveaux biocatalyseurs utilisables en industrie via l'utilisation de la plateforme de clonage et de cribalge enzymatique.

Responsable : Véronique de Berardinis (chercheur)

Aline Mariage
Jean-Louis Petit
Agnès Pinet

Marielle Besnard-Gonnet
Adrien Debard
Virginie Pellouin

Les biocatalyseurs

2009-03-30T09:02:05Z

Projet LCAB
Équipe LCAB

Les enzymes sont capables de catalyser des réactions qui présentent de nombreux avantages :
* une spécificité de substrat,
* une enantiosélectivité et une régiospécificité strictes,
* des conditions douces de pH et de températures,
* elles ne nécessitent pas l'utilisation de solvants.

En conséquence, la biocatalyse réduit les coûts environnementaux de la synthèse chimique classique et participe au développement d'une chimie « durable » qui devient de plus en plus une donnée importante dans la politique de développement des activités industrielles. La synthèse de produits chimiques grâce à des processus de biotechnologie qui utilisent les enzymes est nommée « biotechnologie blanche » et est utilisée par un nombre toujours croissant d'industriels pour la production de composés organiques, d'agents pour l'agriculture, de produits pharmaceutiques, d'additifs pour la nourriture ainsi que des bioplastiques (Hatti-Kaul et al. , 2007).

« Ligation Independent Cloning »

2009-03-30T09:01:54Z

Projet LCAB
Équipe LCAB

La technique utilisée, appelée LIC (Ligation Independant Cloning), est basée sur les propriétés de la T4 polymerase et a été décrite par Aslanidis et de Jong en 1990.

Plateforme de clonage

2009-03-30T09:01:43Z

Projet LCAB
Équipe LCAB