Site du Genoscope

Présentation du Centre

webmaster — 2006-11-29T19:52:33Z

Le mot du Directeur

« Après avoir été l'un des acteurs du projet génome humain, le Genoscope met aujourd'hui le cap vers la génomique environnementale. L'exploitation des données de séquences, prolongée par l'identification expérimentale des fonctions biologiques, notamment dans le domaine de la biocatalyse, ouvrent des perspectives de développements en biotechnologie industrielle. C'est dans une logique de développement durable que le Genoscope cherche des solutions biologiques dans la chimie de synthèse, afin de la rendre moins polluante et moins consommatrice d'énergie et de carbone fossile. » Jean Weissenbach

Le mot du Directeur
Historique
Missions

Historique

Janvier 1997- Création du Groupement d'Intérêt public (GIP) « Centre National de Séquençage » pour 10 ans.

Juillet 2002- Intégration du Genoscope au sein du GIP "Consortium National de Recherche en Génomique (CNRG), qui réunit également le Centre National de Génotypage (CNG) et le Réseau National des Genopoles (RNG).

Mai 2007- Intégration du Genoscope et du CNG au sein d'un huitième institut du CEA ; l'Institut de Génomique, rattaché à la Direction des Sciences du Vivant.

Le mot du Directeur
Historique
Missions

Missions

Le Genoscope - Centre national de séquençage a été créé en 1996 pour remplir les missions suivantes :

1) assurer la participation française au projet génome humain et plus généralement participer à l'effort des nations développées de produire, en accès libre, des données de séquence d'intérêt général.

2) répondre aux besoins en séquençage à grande échelle de la communauté académique nationale ;

3) permettre de se maintenir au niveau de l'état de l'art dans le domaine du séquençage et de l'analyse de la séquence.

Dans ces très grands projets internationaux Genoscope a pu contribuer de manière originale en étant le premier à proposer que le génome humain comporte 30000 gènes ou moins. Genoscope a participé à des consortiums internationaux dans le domaine des génomes de plantes. Genoscope a aussi mis en évidence des évènements majeurs dans le domaine de l'évolution des génomes eucaryotes (vertébrés, ciliés, plantes).

Enfin, depuis 10 ans, le volume de séquençage annuel a été multiplié par 40 et les coûts divisés par 30.

Récemment, le Genoscope a réorienté ses objectifs scientifiques propres dans une logique d'exploitation des données de séquence.

Les missions initiales restent d'actualité. Toutefois, le projet génome humain passe aujourd'hui dans une phase d'exploitation qui est développée au CNG. Nous avons voulu élargir le champ des analyses des données de séquence en les prolongeant à présent par l'identification expérimentale de fonctions biologiques.

L'ensemble des projets propres du Genoscope se situe à présent dans les domaines de la génomique de l'environnement et de sa biodiversité. Ces travaux ouvrent des perspectives de développements en biotechnologie industrielle dans une logique de développement durable. Il est à noter que le JGI (Joint Genome Institute, centre de séquençage du DOE) a connu une évolution tout à fait similaire et que le DOE consacre un budget considérable à des programmes dans le secteur de l'environnement et des microorganismes d'intérêt industriel, bioénergétique ou de bioremédiation.

De nombreux rapports dans les pays développés font état de l'importance croissante de la biotechnologie industrielle dans la chimie de synthèse. Dans les dix ans à venir les procédés de bioconversion devraient concerner de 10 à 20% de l'ensemble de la production. La recherche française est peu présente dans ce secteur pourtant déterminant pour le futur de l'industrie chimique. Genoscope a mis sur pied un projet qui porte sur la recherche d'activités de bioconversion d'intérêt pour l'industrie. Plusieurs industriels ont exprimé un intérêt très vif pour les nouvelles orientations prises par le Genoscope dans le secteur.

Des exemples récents démontrent aussi que les procédés de synthèse chimiques utilisant la biocatalyse ont un impact spectaculaire sur l'environnement aussi bien en matière d'économie d'énergie que de réduction des déchets. Dans la mesure où le principe du « pollueur-payeur » prendra une importance croissante, les incitations financières vers une chimie durable créeront une demande croissante dans ce secteur, dont le développement est incontournable.

Où sommes nous ?

webmaster — 2006-11-29T19:59:24Z

Adresse
Moyens d’accès
Plan

Genoscope
Centre National de Séquençage
Institut de génomique
Direction des Sciences du vivant
CEA
2, rue Gaston Crémieux
CP5706
91 057 Evry Cedex

Tél : 33(0)1 60 87 25 00
Fax : 33(0)1 60 87 25 14

Localisation via Google maps France

Adresse
Moyens d’accès
Plan

Moyens d’accès :

Train

RER D, gare Evry-Courcouronnes.
Sortie de la gare, direction de la mairie. Au rond-point des Droits de l'Homme et du Citoyen, prendre à gauche.
Au troisième feu, le Genoscope est à votre droite.

Voiture

Depuis Paris
- A6, direction Lyon
- Direction N104 Evry-centre puis N449 Evry-centre/Evry Courcouronnes
- Bd de l'Europe, 3 feux jusqu'au rond point
- Au rond point, prendre la sortie Corbeil
- Au troisième feu, le Genoscope est à votre droite.

Depuis La Francilienne Ouest (A10/Les Ulis)
- Sortie Evry
- Au rond-point du Traité de Rome, prendre la sortie Evry
- Tout droit, traversez le centre d'Evry (Bd F. Mitttérand puis Bd des Coqibus)
- A l'indication "Les Epinette, le Genoscope est sur votre droite.

Depuis La Francilienne Est (A3,A4/ Marne-la-Vallée)
- Sortie 32 « Evry centre »
- N7,première sortie « Les Epinette »
- Au second feu, le Genoscope est sur votre gauche.

Recherche UMR

webmaster — 2006-11-29T20:54:35Z

L'UMR 8030 "Génomique Métabolique" (CNRS - Genoscope Université d'Evry) est la structure de recherche fondamentale du Genoscope. (Pour en savoir plus)

Son objectif : prolonger les annotations de séquence in silico par des approches expérimentales en particulier dans le domaine des enzymes du métabolisme.

L'UMR Génomique Métabolique est constituée de 6 équipes. Trois d'entre elles (Projets Cloaca maxima (LMP), Thesaurus métabolique (LGBM)et le laboratoire de chimie organique et biocatalyse (LCOB)) ont des finalités essentiellement biologiques et les trois autres (Laboratoire de génomique comparative, analyses de séquences de génomes eucaryotes et l'équipe "Réseaux métaboliques") s'intéressent à divers aspects de la bioinformatique (analyse des séquences, évolution de génomes, modélisation du métabolisme).

Ses équipes :

Laboratoire d'informatique scientifique

claude, webmaster — 2006-11-29T20:55:09Z

Les traitements informatiques appliqués aux données produites par le Genoscope entrent dans la catégorie des applications dites 'data intensive' (à usage intensif de données, en français). Cette famille d'applications se caractérise par la mise en œuvre de grandes quantités de données, qui sont lues, écrites et modifiées par des programmes qui vont les filtrer, en évaluer la qualité, les rapprocher (en les comparant) de données déjà connues, ou encore en analyser le contenu par des méthodes statistiques. Ces traitements entrent parfois aussi dans la catégorie des traitements dits 'calcul intensif'.

Système de calcul Genoscope (Janv. 2008)

Dans tous les cas, les temps d'exécution sont longs, que ce soit du fait de la quantité de données mise en œuvre ou de la complexité de l'algorithme . Heureusement, il est rare d'avoir à traiter de très grandes quantités de données avec un algorithme coûteux.

La production quotidienne de séquences par les séquenceurs automatiques d'ADN type 3730 génère environ 6 Go de données brutes (chromatogrammes) par jour. Pour certains projets, ces données brutes sont soumises à un dépôt publiquement accessible, le 'trace repository' .

Les différentes étapes de préparation de l'ADN avant séquençage sont enregistrées, pour chaque échantillon produit, dans un système de gestion de données du laboratoire, le LIMS (Laboratory Information and Management System). Début 2007, la base de données LIMS contenait ainsi les informations de traitement (ou manipulation) des 300.000 plaques d'ADN ayant conduit à la production de 44 millions de séquences. Cette base de données est en constante évolution pour prendre en compte les modifications continues du processus de production, dues à l'introduction d'optimisations et de nouvelles technologies.

Responsable : Claude Scarpelli ([Email])
Système	Laurent Sainte Marthe Sylvain Bonneval Denis Debaussart Fabien Dupont Simon Vallet Claude Verdier
Flux et traitement de données	Véronique Anthouard Arnaud Couloux Carole Dossat Frédérick Gavory Maud Haquelle Julien Gass
Développement et Systèmes d'Information	Ludovic Fleury Franck Anière Simone Duprat Shahinaz Gas E'Krame Jacoby Sumitta Samair
Développements technologiques	Julien Patrouix

Le clonage et le sous-clonage

webmaster — 2006-11-29T21:14:52Z

Première étape dans la méthode de séquençage de type Sanger

Pour en savoir plus

La première étape de la chaîne de production de séquences consiste à extraire la molécule d'ADN des cellules de l'organisme. Comme les séquenceurs ne sont pas capables de lire des fragments de grandes tailles, il est nécessaire de fragmenter cet ADN par cassures enzymatiques ou mécaniques. Chaque fragment sera alors introduit dans un vecteur biologique et multiplié indépendamment dans une bactérie. Cette étape s'appelle le clonage et l'ensemble des fragments clonés constitue une banque.

Cette équipe appartient au laboratoire de séquençage (LS).

Responsable : Patrick Wincker (mail)
Chef d'équipe : Julie Poulain

Loïc Couturat
Maria Dubois
Patricia Fernandez

Michel Gouyvenoux
Emmanuelle Petit
Muriel Ronsin

Equipe séquençage

webmaster — 2006-11-29T21:27:33Z

Responsable :	Patrick Wincker	(mail)
Chef d'équipe :	Julie Poulain	(mail)

a/ Séquençage sur Flex, Solexa & SoLid

Nathalie Aïcah	Odette Beluche	Corinne Cruaud	Céline Orvain
Adriana Alberti	Laurie Bertrand	Claudine Louesse	Dominique Robert
Chadia Bellemere	Isabelle Bordelais	Sandrine Lebled
Caroline Belser	Magali Boutard	Delphine Mavel

b/ Séquençage sur ABI3730, méthode Sanger

Pour en savoir plus

Après réalisation d'une banque d'ADN de l'organisme à séquencer, l'équipe « Clonage & sous-clonage » passe le relai aux équipes « Séquençage » pour les deux étapes qui suivent.

La deuxième étape dans la production de séquences consiste à extraire et à purifier les fragments d'ADN de la banque, qui ont été préalablement multipliés dans les bactéries.

Dans la troisième étape, chacun des fragments est soumis à une réaction de séquence. Les produits de cette réaction sont ensuite séparés et lus sur des séquenceurs capillaires. On obtient in fine un chromatogramme qui donne la succession des bases qui compose le fragment d'ADN séquencé.

Corinne Dumont	Lydia Marty
Evelyne Ettedgui	Peggy Perroud
Thomas Guerin	Katia Vezmar (Intérimaire)
Catherine JeanBaptiste

Ressources génomiques

webmaster — 2006-11-29T21:34:15Z

Une fois séquencées, les banques génomiques et les banques de cDNA sont confiées à l'équipe « Ressources génomiques ». Cette dernière est en charge de leur entretien, d'en assurer la pérennité et d'en soustraire les clones redondants par criblage. L'équipe a également pour mission de répondre à la demande de clones, de membranes d'hybridation ou de criblages spécifiques que leur soumettent les différents laboratoires de recherche publics ou privés.

En dehors de ce statut de « gardienne pérenne » de ces Banques génomiques et de cDNA de l'homme, de la souris ou de Tetraodon, l'équipe exploite les ressources génomiques d'autres projets internes et externes au Genoscope. Elle collabore notamment à deux projets internes, le premier sur l'expression génique d'Acinetobacter baylyi . et le deuxième sur le dosage quantitatif des espèces dans le métagénome de Cloaca maxima. Parmi les projets externes figure la recherche de polymorphismes (tupe SNPs) sur les gènes candidats à la polyarthrite rhumatoïde (Laboratoire de recherche GenHotel).

Responsables : Gabor Gyapay ([Email])

Jacqueline Muanga
Delphine Muselet
Emilie Pateau
Peggy Sirvain
Nathalie Vega

Finition

webmaster — 2006-11-29T21:43:35Z

Le séquençage aléatoire, réalisé par la production, génère des données qui sont ensuite stockées, triées et filtrées par des procédures mises en place par l'équipe informatique. Un premier assemblage de ces données est réalisé par les équipes « finitions ». L'étape « Finition » d'un projet consiste à compléter la séquence "assemblée" par des lectures complémentaires et à reséquencer les zones de mauvaise qualité (lissage). Ce travail est réalisée par deux groupes spécialisés, l'un dans le traitement des régions d'ADN génomique, l'autre dans les petits génomes.

Responsable : Valérie Barbe (Mail, Tel : 01 60 87 84 52)

Elodie Bataille Anne Berger Ivan Dubois Zineb El Hajji Stéphanie Fouteau Sophie Layac Patricia Lenoble Ghislaine Magdelenat Barbara Mairey Sophie Oztas Benoit Vacherie Agnès Viollet

Développements pour l' atelier d'extraction d'ADN et les équipes « Finition »

webmaster — 2006-11-30T08:28:00Z

Les technologies de séquençage sont sans cesse en mutation et nécessitent de nombreux développements pour être adaptées en production. La dernière génération de séquenceurs capillaires (ABI 3730), dont la capacité de séquençage a été démultipliée, a notamment doublé la production de l'atelier de préparation des matrices. L'équipe a donc dû chercher de nouvelles stratégies pour répondre à cette demande. La première concerne le passage des cultures et des extractions d'ADN du format 96 au format 384 puits. La deuxième stratégie consiste à développer la technologie de RCA (Rolling Circle Amplification, article) pour amplifier l'ADN sur les différents vecteurs du centre.

Responsable : Edgardo Ugarte ([Email])

Agnès Barbance
Nathalie Martins

Présentation du Centre

webmaster — 2006-11-30T12:24:37Z

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