Xanthomonas albilineans

Séquençage aléatoire global

Projet: Collaboratif
Etat du projet: En cours

La bactérie tropicale qui menace la canne à sucre

Collaborations :

Equipe « Génomique et analyse moléculairede la pathogénie des bactéries phytopathogènes »
UMR Biologie et génétique des interactions plante-parasite (BGPI)
AGRO.M/CIRAD/INRA
Montpellier, France

Equipe « Adaptation et pouvoir pathogène des Xanthomonas »
Laboratoire Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM)
UMR CNRS/INRA
Toulouse, France

Equipe « Ecologie, épidémiologie et diversité de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli »
UMR Pathologie Végétale (PaVé)
Université d’Angers/INH/INRA
Angers, France

Equipe « Interactions Xanthomonas oryzae pv. oryzae-riz »
aboratoire Génome et Développement des plantes (LGDP)
UMR Université de Perpignan/CNRS/IRD
Perpignan, France

Le Genoscope séquence le génome de Xanthomonas albilineans, une bactérie pathogène de la canne à sucre.

Le génome de cette souche est estimé à 5 Mb. Il sera séquencé à une profondeur d’environ 12X. Trois banques différentes sont utilisées :

fragments de 3 kb clonés dans le vecteur pcdna2.1 (nombre de copies élevé) ;
fragments de 10 kb clonés dans le vecteur pCNS (faible nombre de copies) ;
fragments de 20-25 kb clonés dans le vecteur miniBAC pBeloBAC11.

A partir de ces trois banques seront séquencés 31 500, 10 800 et 5 400 clones, respectivement (lectures aux deux extrémités des inserts). Une étape de finition manuelle sera effectuée au Genoscope.

Contacts :
Valérie Barbe (Genoscope)
Matthieu Arlat (INRA Toulouse) - Philippe Rott (CIRAD)

mise à jour le 4 juin 2009

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