Xenopus tropicalis

Dans une perspective d’analyse comparée des génomes de vertébrés, le crapaud griffu d’afrique (xénope) occupe une place de référence comme modèle amphibien anoure. Lorsque plusieurs génomes de vertébrés ont été mis en compétition pour être déchiffrés, celui de l’espèce X. tropicalis a été choisi en raison de sa taille deux fois plus petite que celle de son proche parent X. laevis.

Contrairement à l’espèce X. laevis qui est allotétraploïde, X. tropicalis est diploïde et au moins 30 à 50 millions d’années d’évolution séparent ces deux espèces. Dès la fin des années 1970-début 1980, Fischberg démontrait la diploïdie de X. tropicalis dans des études de biologie moléculaire. Jusqu’à la fin des années 1990, peu de travaux se sont ensuivis pour développer l’utilisation de ce modèle en génétique moléculaire.

Les espèces de xénope X. laevis et X. tropicalis sont des modèles de vertébrés non-mammifères particulièrement pertinents pour étudier, entre autres, les mécanismes moléculaires du développement précoce mais également la métamorphose.

Les méthodes de la génomique ont été appliquées au xénope, et de nombreuses séquences géniques sont aujourd’hui disponibles pour étudier la biologie de X. laevis et de X. tropicalis avec les outils de la génomique fonctionnelle.

Le séquençage « en vrac » du génome de X. tropicalis est entrepris par le Joint Genome Institute aux Etats-Unis. Aujourd’hui, 9,3 Gb de séquences brutes sont accessibles ainsi que 99 338 séquences « scaffold » d’une couverture de 1 053 Mpb (soit 59% du génome). Une couverture de 527 Mb du génome est assurée par 15 017 scaffold de plus de 21 kbp. Le modèle xénope dispose donc de nombreux atouts permettant d’envisager des études systématiques et comparatives à l’échelle du génome.

X. tropicalis a été présenté comme un organisme modèle permettant de combiner les approches génétiques aux méthodes sophistiquées de l’embryologie. Le xénope, tout comme le poisson zèbre, le nématode, la drosophile et la levure, fait partie d’une sélection de modèles pour lesquels les approches de génomique fonctionnelle sont désirables. C’est pourquoi un projet de séquençage d’ADNc chez X. tropicalis doit être réalisé.