UMR 8030 de « Génomique métabolique »

Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme ( LABGeM )
Laboratoire de métagénomique des procaryotes
Laboratoire d’analyses bioinformatiques des séquences
Laboratoire de génomique et de biochimie du métabolisme
Laboratoire de chimie organique et biocatalyse

 
  L’UMR8030 Génomique métabolique des génomes est la structure de recherche fondamentale du Genoscope-Centre national de séquençage, qui maintenant fait partie de l’Institut de génomique du CEA. Cette Unité Mixte de Recherche a trois tutelles, l’Université d’Evry, le CEA et le CNRS. Historiquement, la thématique principale de l’unité fut étroitement liée à l’activité de séquençage du Genoscope. Cette activité porte sur l’analyse in silico de la séquence de génomes eucaryotes et procaryotes.

A présent ces analyses de séquence restent activement poursuivies mais se prolongent en outre par l’identification fonctionnelle d’enzymes encore inconnus du métabolisme. La recherche de nouvelles activités enzymatiques s’inscrit dans le cadre plus large de deux objectifs centraux (1) tenter d’obtenir une vision intégrée du métabolisme d’un organisme bactérien et (2) compléter la construction des voies métaboliques bactériennes peu ou pas connues en particulier en anaérobiose.

Ces deux objectifs s’appuient en premier lieu sur la connaissance de séquences complètes, mais aussi sur l’analyse de séquences issues d’approches métagénomiques. Pour aborder ces questions, nous nous sommes dotés de deux ressources génomiques dont l’établissement s’est étalé sur plusieurs années :

• une collection pangénomique de mutants d’Acinetobacter baylyi
• une grande collection de séquences métagénomiques des flores procaryotiques du traitement des eaux. L’examen critique de ces ressources constitue le point de départ de toute une série de questions qui sont ensuite abordées par des approches soit expérimentales soit bioinformatiques soit une combinaison des deux.