UMR 8030 de «Genómica metabólica»

Taller de genómica comparativa
  Cloaca máxima
  Genomas eucariotas
  Redes metabólicas
  Thesaurus metabolismo

El UMR 8030 « Genómica metabólica »(CNRS-Genoscope-Universidad de Evry) es la estructura de investigación fundamental de Genoscope-Centro nacional de secuenciación. Al inicio, la temática principal de la unidad fue estrechamente ligada a la actividad de secuenciación de Genoscope. Ella ha estado relacionada principalmente al análisis de grandes secuencias o de segmentos de grandes genomas determinados, pero también sobre el análisis de genomas procariotas. Hoy en dia el UMR y Genoscope prosiguen estos análisis y desarrollan herramientas informáticas con este objetivo. La anotacion de las secuencias de genomas procariotas y eucariotas. Los análisis son sobre todo llevados a cabo en colaboración con equipos académicos (genomas, regiones genomicas, cDNAs, ESTs, etc.).

El UMR genómica metabólica esta constituido de 5 equipos: dos de entre ellos(Proyectos Cloaca máxima y Thesaurus metabolismo) tienen finalidades biológicas y los otros tres (Taller de genómica comparativa, análisis de secuencias de genomas eucariotas y el equipo «Redes metabolicas») se interesan a varios aspectos de la bioinformática(análisis de secuencias, evolución de genomas, modelamiento del metabolismo).
 

El proyecto Cloaca máxima consiste a aumentar el inventario de los genes procariotas codantes de enzimas del metabolismo. La gran mayoría de los procariotas no cultivados pueden ser explorados bajo un enfoque de metagenómica apoyandose en la secuenciación; en este proyecto, nos interesamos a las floras procariotas implicadas en diversas etapas de la depuracion de aguas. La finalidad de este proyecto es conocer mejor las vias metabolicas y las enzimas que actuan en el tratamiento de las aguas servidas.
 

Un proyecto Thesaurus metabolismo trata sobre la exploracion sistematica de las funciones metabólicas de Acinetobacter ADP1 que sirve como modelo al estudio del metabolismo. Una colección de mutantes en donde cada gen es inactivado por la inserción de un marcador de seleción ha sido constituida.
 

Un grupo de modelamiento («Redes metabólicas») desarrolla y aplica metodos para la reconstrución de modelos metabólicos a partir de datos experimentales(especialmente los obtenidos del proyecto thesaurus metabolismo), y del análisis de las capacidades metabólicas de estos modelos. Este grupo construye en especial un modelo cualitativo del metabolismo global de Acinetobacter.
 

El UMR8030 es una estructura atipica que esta formada de un número modesto de investigadores permanentes(3 academicos-investigadores y 7 investigadores estatutarios(o de planta)) y que se apoya sobre la infraestructura tecnológica que le provee genoscope tanto por las finalidades biológicas que por el tratamiento informático de los datos.