Thèse de Valérie Barbe

Thèses
Séminaires

8 février 2007

« De la séquence à l’analyse de génomes procaryotes : application à l’étude de trois génomes du genre Acinetobacter sp. »
  Cette thèse a été soutenue par Valérie Barbe (mail). Ses travaux ont été effectués au sein de l’équipe « Thesaurus métabolique » de Marcel Salanouba (mail). et de l’équipe « Génomique comparative » de Claudine Médigue (mail).
 
  Le développement des techniques de séquençage depuis ces quarante dernières années a permis l’évolution d’une nouvelle discipline biologique : la génomique. Bien que depuis 1999 la production de données de séquences augmente exponentiellement, des difficultés résident encore dans l’assemblage et la finition de génomes complets. La premiàre partie de cette thèse est consacrée à la présentation des solutions techniques qui ont été mises en place au Genoscope pour s’affranchir des principales difficultés d’assemblage et de finition de génomes procaryotes complets. Une deuxième partie est ensuite consacrée à la description d’un projet dans son ensemble, de la séquence à l’analyse comparative, de trois génomes du genre Acinetobacter. Les Acinetobacter sont des bactéries à Gram négative, oxydase-négative, catalase positive, et strictement aérobies. Ce sont des γ-protéobactéries classées dans l’ordre des Pseudomonales et dans la famille des Moraxellaceae. Acinetobacter baylyi ADP1, est une bactérie du sol très versatile et naturellement compétente. Cette souche a été séquencée, annotée et l’analyse a mis en évidence un archipel d’îlots cataboliques dédiés à la dégradation d’une grande variétéde composés organiques. Ces observations sont corrélées avec son habitat puisque cette bactérie est notamment capable de cataboliser des composés aromatiques produits par les plantes. L’émergence récente de l’espèce Acinetobacter baumannii, notamment dans le milieu hospitalier, a suscité de l’intérêt de part sa grande capacité à acquérir des résistances aux antibiotiques, ainsi que pour son rôle dans les infections nosocomiales. Deux souches de cette espèce, AYE et SDF, la première étant multi résistante et l’autre non, ont été séquencées, annotées et analysées dans un premier temps afin d’établir un répertoire de gènes pouvant intervenir dans la résistance. Ainsi, un îlot de 86 kilobases dédiéà la résistance a été mis en évidence dans le génome de la souche AYE. De plus, la présence d’îlots cataboliques, initialement décrits dans A. baylyi, laisse supposer que la souche AYE est capable de croître sur une grande diversité de milieux. L’accès à la séquence et à l’annotation de trois souches du genre Acinetobacter, nous a conduit à les comparer globalement afin d’étudier leur capacité métabolique et leur implication en tant qu’agents responsable d’infections nosocomiales.