Thèse de David Vallenet

Thèses
Séminaires

8 février 2007

« La plateforme MicroScope pour l’annotation de génomes microbiens. Application à l’étude de trois bactéries du genre Acinetobacter »
  Cette thèse a été soutenue par David Vallenet (mail). Ses travaux ont été effectués au sein de l’équipe « Génomique comparative » de Claudine Médigue (mail).
 
 

La plateforme MicroScope d’analyse de génomes microbiens comporte un ‘pipeline’ d’annotation, une base de données et une interface graphique nommée MaGe. Dans cette démarche intégrative, l’expertise humaine prend une place importante et est facilitée par l’utilisation de méthodes de contexte de gènes et de reconstruction de processus. Parmi les projets traités, une comparaison de trois bactéries du genre Acinetobacter a été entreprise. L’analyse du génome de A. baylyi ADP1, une bactérie du sol, a mis en évidence un archipel d’îlots cataboliques. Le génome de A. baumannii SDF, isolée dans l’intestin du pou, semble être soumis à un processus de réduction. L’étude du génome de A. baumannii AYE, un agent responsable d’infections nosocomiales, a révélé la présence d’îlots cataboliques initialement caractérisés dans la souche ADP1. De plus, un nombre important de gènes spécifiques est impliqué dans la résistance aux antibiotiques, la formation de biofilms ou encore l’acquisition du fer.

Mots clefs :

Bioinformatique /Bioanalyse /Base de données /Génome bactérien /Système d’annotation /Métabolisme /Acinetobacter