Thèse d’Asadollah AGHAIE

Thèses
Séminaires

30 septembre 2009

« Etude de voies de dégradation par des approches génétiques et biochimiques : application au D-glucarate et au galactarate chez la bactérie Acinetobacter baylyi ADP1. »

  Asadollah AGHAIE a soutenu sa thèse le 30 septembre à l’Université Pierre et Marie Curie (Paris). Ses travaux ont été effectués au sein du laboratoire de « génomique et biochimie du métabolisme », dirigé par Marcel Salanoubat.

Dans cette thèse nous avons étudié la voie de dégradation du D-glucarate/galactarate chez les bactéries qui utilisent une voie alternative à celle décrite chez Escherichia coli. Cette étude a été effectuée sur Acinetobacter baylyi ADP1, qui est au laboratoire notre organisme « modèle » pour étudier le métabolisme. Cette gamma-protéobactérie du sol, présente un métabolisme polyvalent qui permet de dégrader de nombreuses sources de carbone. De plus elle est particulièrement adaptée aux modifications génétiques à haut débit. Des ressources ont été construites au laboratoire, incluant la séquence de son génome et la construction d’une collection complète de mutants de délétion. ADP1 étant capable d’utiliser le D-glucarate/galactarate comme seule source de carbone, nous avons identifié cinq gènes potentiellement impliqués dans la voie de dégradation de ces deux hexarates en caractérisant la capacité des mutants de l’ensemble de la collection ( 2500) à utiliser ces produits comme seule source de carbone. Les produits de ces quatre gènes, ont été caractérisés biochimiquement pour en déterminer la fonction ainsi que leurs caractéristiques cinétiques. Nous avons aussi étudié la régulation de ces gènes en terme de transcription et d’expression. Nous avons mis en évidence l’induction de la voie par les deux hexarates, découvert un régulateur négatif et suggéré les régions régulatrices de cet « opéron » de dégradation. Cette thèse présente donc une méthodologie générale, basée sur l’utilisation de mutants, qui permet de trouver des gènes impliqués dans des voies d’assimilation de composés servant comme sources de Carbone, d’Azote, de Soufre ou dans la dégradation de xénobiotiques.

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Mots clés : Métabolisme ; biochimie ; voie de dégradation