Acinetobacter baylyi: Annotations

Synteny results - Supplementary data

Une bactérie hautement compétente pour la transformation naturelle

A total of one hundred and fourty eight sequenced genomes were used in the analyses. Orthologs between Acinetobacter ADP1 and the 148 other genomes, were defined as genes showing a minimum of 30% identity and a ratio of 0.8 of the length of the smallest protein. Orthology relations were strengthened by synteny detection (i.e, conservation of the chromosomal co-localisation between pairs of orthologous genes from different genomes) using the Syntonizer software (Labarre et al., submitted).

Our method is not restricted to the bi-directional best-hits definition, and thus allows for multiple correspondences (gene fusion/fission, duplication).

A « gap » parameter, representing the maximum number of consecutive genes not involved in a synteny group, has been set to 5 genes.

Histogram representation of synteny results.

Acinetobacter baylyi ADP1				SYNTONS				VS
CDS in Syntons		BBH		Syntons Nb	Syntons size			BBH		CDS in Syntons		CDS Nb	Replicon Name
Nb	%	Nb	%	Syntons Nb	Min	Avg	Max	Nb	%	Nb	%	CDS Nb	Replicon Name
1155	34.72	2102	63.18	365	1	3.21	28	2102	37.76	1158	20.80	5567	P. aeruginosa PA01
1061	31.89	1986	59.69	333	1	3.27	28	1986	36.30	1077	19.69	5471	P. syringae pv. tomato DC3000
1066	32.04	2000	60.11	351	1	3.09	28	2000	37.38	1066	19.93	5350	P. putida KT2440
758	22.78	1700	51.10	256	1	2.98	27	1700	39.42	755	17.51	4312	X. axonopodis pv. citri 306
756	22.72	1593	47.88	257	1	2.99	28	1593	46.31	752	21.86	3440	R. solanacearum
730	21.94	1686	50.68	243	1	3.02	27	1686	40.33	724	17.32	4181	X. campes pv. campestris str. ATCC 33913
729	21.91	1746	52.48	238	1	3.13	28	1746	32.79	745	13.99	5324	E. coli O157 :H7 EDL933
723	21.73	1747	52.51	233	1	3.12	28	1747	30.19	726	12.55	5786	E. coli O157 :H7
713	21.43	1736	52.18	240	1	2.98	28	1736	39.39	711	16.13	4407	C. violaceum ATCC 12472
692	20.80	1654	49.71	227	1	3.07	28	1654	38.25	694	16.05	4324	S. oneidensis MR-1
693	20.83	1709	51.37	232	2	3.02	27	1709	31.77	700	13.01	5379	E. coli CFT073
692	20.80	1681	50.53	247	1	2.90	28	1681	33.66	703	14.08	4994	B. bronchiseptica RB50
687	20.65	1713	51.49	230	2	3.01	28	1713	37.39	691	15.08	4581	S. typhimurium LT2
681	20.47	1611	48.42	223	1	3.07	28	1611	41.47	683	17.58	3885	Y. pestis CO92
681	20.47	1669	50.17	229	2	3.00	28	1669	37.97	685	15.59	4395	S. enterica enterica Typhi
683	20.53	1676	50.38	231	1	2.98	28	1676	38.88	688	15.96	4311	E. coli K12
681	20.47	1673	50.29	229	2	2.99	28	1673	38.70	683	15.80	4323	S. enterica enterica Typhi Ty2
676	20.32	1622	48.75	225	1	3.02	25	1622	39.66	680	16.63	4090	Y. pestis KIM
669	20.11	1632	49.05	238	1	2.92	28	1632	39.00	677	16.18	4185	B. parapertussis 12822
650	19.54	1606	48.27	215	1	3.03	27	1606	34.29	647	13.82	4683	P. luminescens laumondii TTO1
636	19.12	1433	43.07	201	2	3.16	28	1433	46.53	636	20.65	3080	V. parahaemolyticus RIMD 2210633 chr. I
640	19.24	1586	47.67	216	1	2.99	28	1586	38.99	643	15.81	4068	S. flexneri 2a 2457T
638	19.18	1604	48.21	216	1	2.98	28	1604	38.37	642	15.36	4180	S. flexneri 2a 301
628	18.88	1496	44.97	221	1	2.91	28	1496	43.40	630	18.28	3447	B. pertussis Tohama I
615	18.49	1393	41.87	205	1	3.01	27	1393	46.87	634	21.33	2972	V. vulnificus CMCP6 chr. I
608	18.27	1433	43.07	195	1	3.12	27	1433	43.93	609	18.67	3262	V. vulnificus YJ016 chr. I
576	17.31	1365	41.03	187	2	3.08	28	1365	49.78	577	21.04	2742	V. cholerae O1 biovar eltor N16961 chr. I
553	16.62	1204	36.19	185	1	2.99	27	1204	59.19	553	27.19	2034	X. fastidiosa Temecula1
542	16.29	1282	38.53	183	1	2.96	27	1282	46.35	543	19.63	2766	X. fastidiosa 9a5c
544	16.35	1261	37.90	185	1	2.96	27	1261	51.24	549	22.31	2461	N. europaea ATCC 19718
543	16.32	1757	52.81	192	2	2.89	26	1757	21.13	549	6.60	8317	B. japonicum
479	14.40	1671	50.23	167	2	2.90	26	1671	24.77	482	7.14	6746	M. loti
459	13.80	1223	36.76	157	1	2.92	28	1223	60.69	459	22.78	2015	P. multocida
451	13.56	1039	31.23	149	2	3.03	27	1039	51.72	451	22.45	2009	C. burnetii RSA 493
458	13.77	1468	44.12	163	1	2.84	26	1468	39.28	455	12.18	3737	C. crescentus CB15
415	12.47	1110	33.36	143	1	2.92	28	1110	66.99	416	25.11	1657	H. influenzae Rd
404	12.14	1223	36.76	134	2	3.06	28	1223	58.83	409	19.67	2079	N. meningitidis serogroup B MC58
395	11.87	1208	36.31	131	2	3.04	28	1208	58.50	396	19.18	2065	N. meningitidis serogroup A Z2491
399	11.99	1388	41.72	137	2	2.92	26	1388	41.54	397	11.88	3341	S. meliloti 1021 s
394	11.84	1268	38.11	133	1	2.96	23	1268	46.60	393	14.44	2721	A. tumefaciens C58 circular chr.
345	10.37	1115	33.51	115	1	3.05	26	1115	54.15	353	17.14	2059	B. melitensis chr. I
338	10.16	1301	39.10	123	1	2.76	27	1301	32.00	339	8.34	4066	B. halodurans
341	10.25	1430	42.98	127	1	2.74	26	1430	27.32	348	6.65	5234	B. cereus ATCC 14579
333	10.01	1096	32.94	109	2	3.11	26	1096	51.80	339	16.02	2116	B. suis 1330 chr. I
332	9.98	1506	45.27	121	2	2.81	25	1506	19.88	335	4.42	7575	S. avermitilis MA-4680
321	9.65	1345	40.43	115	2	2.83	26	1345	32.71	324	7.88	4112	B. subtilis
323	9.71	1535	46.14	115	2	2.84	26	1535	19.76	324	4.17	7769	S. coelicolor A3
314	9.44	1018	30.60	107	2	2.93	28	1018	59.29	313	18.23	1717	H. ducreyi 35000HP
309	9.29	1271	38.20	114	1	2.75	26	1271	36.31	311	8.89	3500	O. iheyensis HTE831
290	8.72	540	16.23	86	2	3.37	27	540	92.62	289	49.57	583	C. Blochmannia floridanus
288	8.66	1229	36.94	104	2	2.77	14	1229	41.06	288	9.62	2993	C. glutamicum ATCC 13032
281	8.45	1254	37.69	102	1	2.75	21	1254	31.93	284	7.23	3927	M. tuberculosis H37Rv
282	8.48	1174	35.29	105	1	2.74	14	1174	39.80	284	9.63	2950	C. efficiens YS-314
278	8.36	1246	37.45	101	1	2.75	21	1246	29.76	280	6.69	4187	M. tuberculosis CDC1551
273	8.21	555	16.68	87	2	3.14	28	555	90.83	273	44.68	611	W. glossinidia endosymbiont of Glossina brevipalpis
277	8.33	1253	37.66	99	1	2.80	21	1253	31.96	279	7.12	3920	M. bovis bovis AF2122/97
270	8.12	1227	36.88	94	1	2.88	28	1227	33.42	272	7.41	3672	C. acetobutylicum ATCC824
261	7.84	1036	31.14	91	1	2.87	26	1036	42.83	261	10.79	2419	S. epidermidis ATCC 12228
261	7.84	1108	33.30	90	1	2.91	26	1108	40.83	263	9.69	2714	S. aureus Mu50
260	7.81	1090	32.76	88	2	2.97	26	1090	42.04	260	10.03	2593	S. aureus aureus N315
258	7.75	1091	32.79	86	2	3.00	26	1091	41.45	257	9.76	2632	S. aureus aureus MW2
252	7.57	1157	34.78	84	2	3.01	26	1157	38.98	253	8.52	2968	L. innocua Clip11262
258	7.75	1045	31.41	87	1	2.97	27	1045	40.38	256	9.89	2588	T. tengcongensis MB4T
250	7.51	1145	34.42	86	2	2.91	26	1145	40.23	250	8.78	2846	L. monocytogenes EGD
247	7.42	515	15.48	76	2	3.25	28	515	91.31	247	43.79	564	B. aphidicola APS
240	7.21	1267	38.08	80	2	3.00	26	1267	29.06	240	5.50	4360	L. interrogans lai 56601 chr. I
242	7.27	1067	32.07	89	1	2.72	14	1067	46.96	244	10.74	2272	C. diphtheriae
238	7.15	497	14.94	72	2	3.31	28	497	91.03	238	43.59	546	B. aphidicola Sg
231	6.94	470	14.13	71	2	3.25	28	470	93.25	231	45.83	504	B. aphidicola
227	6.82	961	28.88	84	2	2.70	21	961	46.49	226	10.93	2067	F. nucleatum nucleatum ATCC 25586
227	6.82	1385	41.63	81	1	2.84	27	1385	28.99	232	4.86	4778	B. thetaiotaomicron VPI-5482
222	6.67	868	26.09	77	1	2.88	22	868	54.08	223	13.89	1605	M. leprae TN
222	6.67	1120	33.66	77	2	2.88	14	1120	42.60	221	8.41	2629	D. radiodurans chr. 1
220	6.61	1083	32.55	71	1	3.11	28	1083	40.71	222	8.35	2660	C. perfringens
217	6.52	985	29.61	77	2	2.82	20	985	60.28	217	13.28	1634	C. jejuni jejuni NCTC 11168
217	6.52	1097	32.97	77	2	2.82	26	1097	36.46	218	7.24	3009	L. plantarum WCFS1
211	6.34	1034	31.08	72	1	2.94	27	1034	45.91	213	9.46	2252	C. tepidum TLS
209	6.28	1012	30.42	74	2	2.82	24	1012	53.97	206	10.99	1875	H. hepaticus ATCC 51449
205	6.16	1125	33.81	69	2	2.97	26	1125	36.14	206	6.62	3113	E. faecalis V583
203	6.10	930	27.95	75	2	2.71	24	930	47.45	202	10.31	1960	S. mutans UA159
201	6.04	1016	30.54	76	2	2.64	21	1016	43.77	202	8.70	2321	L. lactis lactis
201	6.04	949	28.52	69	2	2.91	28	949	51.08	200	10.76	1858	T. maritima
200	6.01	1036	31.14	71	2	2.82	23	1036	50.68	198	9.69	2044	W. succinogenes
190	5.71	883	26.54	72	1	2.64	26	883	51.13	194	11.23	1727	B. longum NCC2705
182	5.47	646	19.42	62	1	2.94	26	646	77.37	183	21.92	835	R. prowazekii Madrid E
188	5.65	984	29.58	69	1	2.72	19	984	41.47	187	7.88	2373	C. tetani E88
181	5.44	784	23.56	62	1	2.92	26	784	57.06	183	13.32	1374	R. conorii Malish 7
182	5.47	942	28.31	66	1	2.77	27	942	46.11	185	9.06	2043	S. pneumoniae R6
185	5.56	883	26.54	62	1	2.98	27	883	59.22	180	12.07	1491	H. pylori
181	5.44	1391	41.81	64	1	2.86	24	1391	25.92	185	3.45	5366	Nostoc sp. PCC 7120
181	5.44	874	26.27	61	1	2.97	27	874	55.46	177	11.23	1576	H. pylori 26695
174	5.23	1356	40.76	63	1	2.79	21	1356	18.51	179	2.44	7325	Pirellula sp.
175	5.26	937	28.16	64	2	2.75	27	937	44.75	177	8.45	2094	S. pneumoniae
178	5.35	882	26.51	65	2	2.77	26	882	47.39	177	9.51	1861	S. pyogenes SSI-1
173	5.20	1091	32.79	55	2	3.15	24	1091	43.35	173	6.87	2517	Synechococcus sp. WH 8102
176	5.29	875	26.30	64	2	2.78	26	875	51.56	175	10.31	1697	S. pyogenes
177	5.32	891	26.78	64	2	2.80	26	891	47.77	174	9.33	1865	S. pyogenes MGAS315
170	5.11	947	28.46	63	1	2.71	26	947	45.22	171	8.17	2094	S. agalactiae NEM316
173	5.20	879	26.42	62	2	2.82	26	879	47.64	172	9.32	1845	S. pyogenes MGAS8232
167	5.02	1046	31.44	54	2	3.09	23	1046	46.18	167	7.37	2265	P. marinus MIT 9313
168	5.05	691	20.77	56	1	3.02	17	691	41.23	166	9.90	1676	R. solanacearum GMI1000 megapl. pGMI1000MP
164	4.93	950	28.55	60	1	2.75	26	950	44.73	165	7.77	2124	S. agalactiae 2603V/R
170	5.11	725	21.79	60	1	2.83	11	725	39.55	162	8.84	1833	A. tumefaciens C58 linear chr.
157	4.72	573	17.22	50	2	3.14	26	573	70.92	158	19.55	808	T. whipplei Twist
155	4.66	563	16.92	50	2	3.10	25	563	71.90	156	19.92	783	T. whipplei TW08/27
154	4.63	969	29.13	55	2	2.80	27	969	50.76	154	8.07	1909	P. gingivalis W83
160	4.81	1334	40.10	63	2	2.60	14	1334	30.11	162	3.66	4430	G. violaceus
152	4.57	667	20.05	55	1	2.76	22	667	63.28	153	14.52	1054	C. pneumoniae CWL029
151	4.54	1078	32.40	52	1	2.90	24	1078	43.56	153	6.18	2475	T. elongatus BP-1
147	4.42	668	20.08	53	2	2.77	22	668	62.49	147	13.75	1069	C. pneumoniae J138
155	4.66	921	27.68	58	1	2.71	11	921	60.24	155	10.14	1529	A. aeolicus
146	4.39	677	20.35	53	2	2.75	22	677	67.84	147	14.73	998	C. caviae GPIC
146	4.39	677	20.35	53	1	2.75	21	677	60.83	147	13.21	1113	C. pneumoniae TW-183
142	4.27	668	20.08	51	2	2.78	22	668	60.07	142	12.77	1112	C. pneumoniae AR39
153	4.60	563	16.92	61	2	2.56	9	563	49.43	146	12.82	1139	B. melitensis chr. II
139	4.18	620	18.64	50	2	2.78	22	620	68.58	139	15.38	904	C. muridarum
153	4.60	547	16.44	59	2	2.64	9	547	47.65	142	12.37	1148	B. suis 1330 chr. II
138	4.15	932	28.01	43	2	3.21	23	932	54.44	138	8.06	1712	P. marinus pastoris CCMP1378
135	4.06	977	29.37	44	2	3.07	24	977	51.91	135	7.17	1882	P. marinus marinus CCMP1375
135	4.06	736	22.12	53	2	2.58	11	736	42.01	133	7.59	1752	V. parahaemolyticus RIMD 2210633 chr. II
129	3.88	562	16.89	41	2	3.15	27	562	66.04	129	15.16	851	B. burgdorferi
134	4.03	1066	32.04	47	2	2.98	24	1066	33.66	131	4.14	3167	Synechocystis sp. PCC 6803
123	3.70	643	19.33	40	2	3.08	26	643	62.07	123	11.87	1036	T. pallidum
122	3.67	1125	33.81	43	2	2.88	14	1125	24.78	124	2.73	4540	M. acetivorans C2A
123	3.70	712	21.40	45	2	2.73	12	712	45.50	123	7.86	1565	V. vulnificus CMCP6 chr. II
119	3.58	570	17.13	40	2	2.98	22	570	63.69	119	13.30	895	C. trachomatis
121	3.64	1014	30.48	46	1	2.63	15	1014	30.08	121	3.59	3371	M. mazei Goe1
120	3.61	704	21.16	45	2	2.67	11	704	41.48	118	6.95	1697	V. vulnificus YJ016 chr. II
113	3.40	864	25.97	41	2	2.80	17	864	35.70	116	4.79	2420	A. fulgidus DSM 4304
108	3.25	466	14.01	34	2	3.18	21	466	64.19	108	14.88	726	M. gallisepticum R
107	3.22	464	13.95	33	2	3.24	26	464	67.34	107	15.53	689	M. pneumoniae
108	3.25	817	24.56	36	2	3.00	14	817	39.37	108	5.20	2075	Halobacterium sp. NRC-1
105	3.16	376	11.30	33	2	3.18	25	376	77.69	105	21.69	484	M. genitalium
106	3.19	442	13.29	32	2	3.31	26	442	71.99	106	17.26	614	U. urealyticum
105	3.16	769	23.11	39	1	2.69	17	769	41.06	110	5.87	1873	M. thermoautotrophicum Delta H
107	3.22	597	17.94	44	2	2.48	6	597	38.03	107	6.82	1570	S. meliloti pl. pSymB
103	3.10	556	16.71	41	2	2.59	12	556	42.97	106	8.19	1294	S. meliloti pl. pSymA
99	2.98	487	14.64	33	2	3.00	26	487	62.28	99	12.66	782	M. pulmonis
97	2.92	561	16.86	30	2	3.23	24	561	54.10	97	9.35	1037	M. penetrans
96	2.89	819	24.62	36	2	2.67	17	819	38.54	96	4.52	2125	P. furiosus DSM 3638
91	2.74	536	16.11	33	2	2.76	10	536	49.04	89	8.14	1093	V. cholerae O1 biovar eltor N16961 chr. II
87	2.61	759	22.81	30	2	2.90	11	759	41.23	87	4.73	1841	A. pernix
87	2.61	806	24.23	30	2	2.90	16	806	42.51	87	4.59	1896	P. abyssi
85	2.55	880	26.45	38	2	2.24	4	880	33.78	85	3.26	2605	P. aerophilum
83	2.49	922	27.71	28	2	2.96	13	922	32.63	82	2.90	2826	S. tokodaii
82	2.46	707	21.25	29	1	2.83	14	707	47.16	83	5.54	1499	T. volcanium
78	2.34	795	23.90	25	2	3.12	17	795	40.64	78	3.99	1956	P. horikoshii
72	2.16	653	19.63	25	2	2.88	13	653	44.06	72	4.86	1482	T. acidophilum
72	2.16	739	22.21	27	1	2.67	12	739	42.74	74	4.28	1729	M. jannaschii
70	2.10	841	25.28	26	2	2.69	15	841	28.25	70	2.35	2977	S. solfataricus
53	1.59	309	9.29	20	2	2.65	5	309	56.49	53	9.69	547	A. tumefaciens C58 pl. AT
50	1.50	704	21.16	20	2	2.50	5	704	41.73	50	2.96	1687	M. kandleri AV19
55	1.65	267	8.03	18	2	3.17	9	267	72.55	50	13.59	368	D. radiodurans chr. 2
23	0.69	106	3.19	9	2	2.56	4	106	72.60	23	15.75	146	D. radiodurans pl. MP1
23	0.69	219	6.58	10	1	2.30	4	219	59.03	24	6.47	371	Halobacterium sp. NRC-1 pl. pNRC200
16	0.48	228	6.85	8	2	2.00	2	228	62.13	16	4.36	367	L. interrogans lai 56601 chr. II
15	0.45	178	5.35	7	2	2.14	3	178	55.63	15	4.69	320	M. loti pl. pMLa
14	0.42	362	10.88	7	2	2.00	2	362	32.94	14	1.27	1099	N. equitans Kin4-M
13	0.39	149	4.48	6	2	2.17	3	149	61.32	13	5.35	243	A. tumefaciens C58 pl. Ti
14	0.42	163	4.90	7	2	2.00	2	163	77.99	14	6.70	209	M. loti pl. pMLb
12	0.36	56	1.68	6	2	2.00	2	56	60.87	12	13.04	92	E. coli O157 :H7 pl. pO157
10	0.30	98	2.95	5	2	2.00	2	98	66.22	10	6.76	148	S. oneidensis MR-1 megapl. pMR-1
9	0.27	59	1.77	3	2	3.00	5	59	78.67	9	12.00	75	L. innocua pl. pLI100
6	0.18	148	4.45	3	2	2.00	2	148	79.57	6	3.23	186	Nostoc sp. PCC 7120 pl. pCC7120beta
6	0.18	76	2.28	3	2	2.00	2	76	84.44	6	6.67	90	Nostoc sp. PCC 7120 pl. pCC7120gamma
6	0.18	179	5.38	3	2	2.00	2	179	76.17	6	2.55	235	S. enterica enterica Typhi pl. pHCM1
6	0.18	103	3.10	3	2	2.00	2	103	80.47	6	4.69	128	S. enterica enterica Typhi pl. pHCM2
5	0.15	38	1.14	2	2	2.50	3	38	86.36	5	11.36	44	M. jannaschii extrachrom large extra-chromosomal element
8	0.24	70	2.10	4	2	2.00	2	70	75.27	6	6.45	93	Y. pestis CO92 pl. pCD1
4	0.12	35	1.05	2	2	2.00	2	35	72.92	4	8.33	48	B. burgdorferi pl. lp38
4	0.12	188	5.65	2	2	2.00	2	188	53.56	4	1.14	351	S. coelicolor A3 pl. SCP1
4	0.12	53	1.59	2	2	2.00	2	53	80.30	4	6.06	66	Nostoc sp. PCC 7120 pl. pCC7120delta
4	0.12	62	1.86	2	2	2.00	2	62	89.86	4	5.80	69	V. vulnificus YJ016 pl. pYJ016
4	0.12	142	4.27	2	2	2.00	2	142	80.68	4	2.27	176	C. acetobutylicum pl. pSOL1
4	0.12	52	1.56	2	2	2.00	2	52	82.54	4	6.35	63	C. perfringens 13 pl. pCP13
4	0.12	118	3.55	2	2	2.00	2	118	67.05	4	2.27	176	Halobacterium sp. NRC-1 pl. pNRC100
4	0.12	56	1.68	2	2	2.00	2	56	87.50	4	6.25	64	X. fastidiosa pl. pXF51
3	0.09	21	0.63	1	3	3.00	3	21	100.00	3	14.29	21	B. cereus ATCC 14579 pl. pBClin15
3	0.09	68	2.04	1	3	3.00	3	68	89.47	3	3.95	76	B. burgdorferi pl. lp54
3	0.09	7	0.21	1	3	3.00	3	7	100.00	3	42.86	7	Buchnera sp. APS pl. pLeu
3	0.09	21	0.63	1	3	3.00	3	21	80.77	3	11.54	26	B. burgdorferi pl. lp28-1
2	0.06	29	0.87	1	2	2.00	2	29	90.63	2	6.25	32	B. burgdorferi pl. lp28-2
2	0.06	30	0.90	1	2	2.00	2	30	96.77	2	6.45	31	Nostoc sp. PCC 7120 pl. pCC7120epsilon
2	0.06	236	7.09	1	2	2.00	2	236	61.30	2	0.52	385	Nostoc sp. PCC 7120 pl. pCC7120alpha
2	0.06	87	2.61	1	2	2.00	2	87	85.29	2	1.96	102	S. typhimurium LT2 pl. pSLT
2	0.06	62	1.86	1	2	2.00	2	62	86.11	2	2.78	72	B. burgdorferi B31 pl. lp56
4	0.12	83	2.49	2	2	2.00	2	83	75.45	3	2.73	110	Y. pestis CO92 pl. pMT1

mise à jour le 24 juillet 2007

Dans la même rubrique

Acinetobacter baylyi: Annotations

Synteny results - Supplementary data