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La séquence génomique de la souche Synechococcus sp. WH8102 (au JGI) et spp. WH7803 et RCC307(à Roscoff)
Les séquences génomiques des souches Prochlorococcus marinus MED4, MIT9313 (au JGI) et SS120 (à Roscoff).
Pasteur Culture Collection of Cyanobacteria
Cyanobase, une base de données qui propose les séquences génomiques annotées de plusieurs cyanobactéries, dont Synechococcus et Prochlorococcus.
Le génome de Synechococcus sp WH7803 a une taille de 2,37 Mb et un GC% de 60,2%. On estime que les caractéristiques du génome de Synechococcus sp RCC307 sont du même ordre de grandeur. La première souche est axénique et la seconde contient un contaminant bactérien (non photosynthétique) en faible concentration. Pour chaque génome, la stratégie de séquençage consiste à construire trois banques aux tailles moyennes d’insert de 3 kb (vecteur pCDNA2.1, haut nombre de copies), 10 kb (vecteur pCNS, faible nombre de copies) et 20 kb (miniBACs). Chacun des deux génomes sera séquencé à une profondeur de 10X.
L’annotation est prise en charge par les membres du consortium
Contacts :
Patrick
Wincker (Genoscope) - Frédéric Partensky (UMR 7127
CNRS / Univ. Paris 6)
© Genoscope - Centre National de Séquençage
2 rue Gaston Crémieux CP5706 91057 Evry cedex
Tél: (+33) 0 1 60 87 25 00
Fax: (+33) 0 1 60 87 25 14
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