Stratégies de séquençage

1/ Le séquençage aléatoire global

Génome humain

L’assemblage « brut » de séquences issues de l’ensemble du génome, constitue une stratégie nommée séquençage aléatoire global (« whole genome shotgun »). Cette méthode fonctionne bien avec les génomes bactériens, qui sont petits (de l’ordre de quelques millions de nucléotides) et pratiquement dénués de séquences répétées. Enfin, sa contribution réelle au séquençage du génome humain, long de 3 milliards de nucléotides et constitué pour moitié de séquences répétées, reste vivement controversée (voir la fiche Génome humain).

Dans le cas des grands génomes, la stratégie du séquençage aléatoire global consiste à obtenir des séquences appariées à différentes échelles génomiques. On procède donc au séquençage des extrémités de grands fragments génomiques (plusieurs centaines de milliers de nucléotides), qui permettent d’assembler les contigs en vastes ossatures et de détecter certaines erreurs à l’intérieur des contigs.