Spadella cephaloptera

Quoi qu’il en soit, les résultats préliminaires de l’analyse moléculaire s’accordent avec ceux de l’analyse morphologique  : la mosaïque de caractères que présentent les chaetognathes est l’indice du caractère ancestral de cette lignée. La paléontologie témoigne également en ce sens, puisqu’on attribue à ce groupe des fossiles vieux de plus de 500 millions d’années (Chen & Huang). L’inclusion dans les Deutérostomiens étant exclue, plusieurs hypothèses demeurent possibles, parmi lesquelles :

• La lignée des chaetognathes pourrait s’être individualisée très tôt, avant la divergence Protostomiens-Deutérostomiens. Ces animaux constitueraient alors un groupe de choix pour la reconstitution de l’ancêtre commun de tous les bilatériens (cela n’implique bien sûr pas que les chaetognathes ressemblent particulièrement à cet ancêtre).
• La lignée des chaetognathes pourrait s’être individualisée après la divergence de la branche des Protostomiens. Ils s’enracineraient donc en position basale dans l’arbre des Protostomiens, en dehors des deux grands groupes que sont les Lophotrochozoaires (Mollusques, Annélides, Brachiopodes, etc.) et les Ecdysozoaires (Arthropodes, Nématodes, etc.) ; alternativement, ils pourraient trouver leur place au sein de l’un de ces groupes.