Spadella cephaloptera

Le Genoscope contribue à l’étude des séquences exprimées chez le chaetognathe Spadella cephaloptera. Il a produit une collection d’EST à partir d’une banque d’ADNc de cet animal, établie par le Centre d’océanographie de Marseille (titre : 5,5 x 106 pfu/ml). Les ARN messagers utilisés pour construire cette banque ont été purifiés à partir différents stades embryonnaires de Spadella cephaloptera (entre 0 et 48 heures après l’éclosion). Les ADNc ont été clonés dans le vecteur Lambda-triplex 2 ; ils sont compris entre 500 pb et 5 kb, avec une taille moyenne d’environ 1 kb. En vue du séquençage, la banque ADNc primaire a été excisée (infection de la souche bactérienne BM25.8, qui exprime la recombinase CRE et permet la circularisation du phagemide en plasmide). Les inserts supérieurs à 800 pb ont été sélectionnés.

Le Genoscope a séquencé 11 000 clones de cette banque en 5’. Les séquences ont subi un premier traitement pour valider leur qualité et éliminer les séquences vecteur, les contaminants et les artefacts de clonage éventuels. L’annotation a eu lieu au centre d’océanographie de Marseille. Après élimination des séquences correspondant aux ARNr 12S et 16S, les séquences restantes ont été blastées contre les bases de données protéiques Swissprot (2 136 clones identifiés) et NR (2 384 clones identifiés). L’annotation a été menée en priorité à partir de Swissprot, puis à partir de NR en cas d’absence d’homologie dans Swissprot. Ainsi, une relation d’homologie a pu être assignée à 2 396 clones qui correspondent aux transcrits de 792 gènes différents. Cette annotation a été réalisée sans passer par une étape de clustering car le haut degré de polymorphisme au sein de la banque rendait délicate la distinction entre orthologues polymorphes et paralogues au sein des clusters. Cependant, des tests de clustering valident les résultats précédents.

Contacts :
Patrick Wincker (Genoscope) - Yannick Le Parco (Université de Marseille)