Séquençage

Qu’est-ce que la séquence de l’ADN ?
Pourquoi séquence-t-on l’ADN ?
Comment séquence-t-on l’ADN ?
Qu’est-ce que l’assemblage ?
Pourquoi a-t-on crée des centres de séquençage autrement nommé Genome Centers ?

 
 
  Les nucléotides, constituants élémentaires de l’ADN, peuvent être de 4 types distincts selon qu’ils incluent la base A, T, G ou C. Dans un fragment d’ADN à séquencer, des centaines de nucléotides s’enchaînent dans un ordre défini. Séquencer le fragment d’ADN consiste à déterminer cet ordre, ou séquence, un long mot écrit dans un alphabet à quatre lettres seulement.
  Le principe du séquençage est de réaliser, à partir d’un point fixe, des copies incomplètes de la molécule d’ADN (la « matrice »), interrompues au hasard. L’interruption est provoquée par l’incorporation aléatoire, lors de la copie, d’un analogue de nucléotide qui bloque la réaction. Comme l’on travaille sur un très grand nombre de molécules de matrice, on obtient toutes les copies partielles possibles à partir du point fixe.
 
 
 
 
  On sépare ensuite ces divers fragments selon leur taille en les faisant migrer dans un gel poreux sous l’action d’un champ électrique. Cette technique, nommée électrophorèse, permet de séparer deux copies incomplètes consécutives qui ont une différence de taille d’un seul nucléotide. Si l’on peut identifier le nucléotide au niveau duquel la copie s’est interrompue (nucléotide terminal) pour chacune des copies incomplètes, de la plus petite à la plus grande, on est alors en mesure de reconstituer la succession des nucléotides tout au long de la copie.
 
 
 
 
  Mais comment identifie-t-on, en pratique, les nucléotides terminaux ? On réalise quatre séries de copies en parallèle, chacune incluant un analogue d’un des 4 types de nucléotides A, T, G ou C. Par exemple, toutes les copies incomplètes d’une série seront terminées par un A. En outre, le composé provoquant l’interruption est fluorescent : le fragment copié peut ainsi être détecté automatiquement par un système optique à la fin de sa migration dans l’appareil d’électrophorèse, nommé séquenceur. Le signal obtenu à mesure que les copies incomplètes achèvent leur migration est interprété par un programme informatique qui reconstitue la séquence originale du fragment d’ADN analysé. Par opération unitaire, ou lecture, un séquenceur automatique peut déterminer la succession de 500 à 1000 bases (une séquence « brute » également appelée lecture). Liste des questions