Vibrio

Les souches de vibrions sélectionnées, SFn1 (V. nigripulchritudo), CECT4600 (V. tapetis) et 02/41 (V. aesturianus) sont capables de reproduire expérimentalement les vibrioses, respectivement chez la crevette, la palourde et l’huître.

Matériels de départ
Les vibrions du genre Vibrio appartiennent à la famille des Vibrionaceae, classe des γ-protéo bactéries. Ce sont de petits bacilles généralement isolés, Gram-négatif, de formes fréquemment incurvées ou droites, majoritairement mobiles de par la présence d’un ou plusieurs flagelles, et vivant en milieu aquatique, principalement marin. Ces bactéries sont mésophiles, chimio-organotrophes et anaérobie facultative et sont capables de pousser sur des milieux gélosés et liquide de type « marine agar » et sur le milieu sélectif TCBS (Thiosulfate-Citrate-Bile Salt-sucrose agar). Vibrio tapetis et aestuarianus ont des températures optimales de croissance de 20°C, et V. nigripulchritudo de 30°C. L’ADN purifié peut être facilement extrait en grande quantité en utilisant des techniques classique d’extraction et de purification. Le pourcentage de G+C de des vibrions se situe autour de 44%. La taille de leur génome attendue est : 3.9 Mb (V. aestuarianus), 5,4 Mb (V. tapetis) et 6.5 Mb (V. nigripulchritudo).

Le projet de séquençage
Le clonage sera fait au Genoscope à partir de fragments de 10kb environ obtenus par cassure mécanique dans un appareil « HydroShear », réparés (par incubation en présence de T4 DNA polymérase), ligaturés à des adaptateurs BstXI, et clonés dans le site BstXI du plasmide « low copy » pCNS. Pour chaque génome, 25 000 lectures environ seront réalisées sur séquenceurs ABI 3730 par le procédé des terminateurs fluorescents (« Dye Terminator »). Une couverture de 15X minimum sera obtenue sur équipement Gflx. La séquence d’une unité ribosomale sera finie. Les grandes régions répétées seront travaillées avec le Laboratoire Collaborant.

Une collaboration avec Claudine Médigue du Genoscope d’Evry a été initiée pour l’annotation du génome à l’aide de la plateforme MAGE.

Expertise des laboratoires concernés
Les coordinateurs de ce projet (Didier Mazel et Frédérique Le Roux) ont une solide expérience de génomique (séquencage complet d’une souche V. splendidus réalisé à l’Institut Pasteur 2004-2006) et ont développé de nouveaux outils de génétiques inverses chez plusieurs espèces de vibrios. Annick Jacq à l’IGM à Orsay a aussi une grande expertise en microbiologie moléculaire, en particulier elle a développé des outils génétiques sur V. tapetis, elle est aussi actuellement en charge de l’analyse des séquences du grand plasmide. Christine Paillard et son équipe, au LEMAR, ont développé pour le modèle V. tapetis-palourde, des tests de pathogénicité in vivo et in vitro afin d’évaluer le rôle et potentiellement la fonction des gènes de virulence identifiés. De même les trois équipes de l’Ifremer, Cyrille Goarant en Nouvelle-Calédonie, Denis Saulnier à La Tremblade et Jean Louis Nicolas à Brest, ont aussi mis en place des tests in vivo et in vitro pour les modèles crevettes et huîtres.

Le transfert des données au sein de la plateforme MAGE permettra une actualisation permanente et dynamique de l’annotation des génomes.


Contacts : Valérie Barbe (Genoscope) - Didier Mazel et Frédérique Leroux (Institut Pasteur)