Mycobacterium prototuberculosis

Le but de ce projet est d’analyser et comparer les génomes de 4 souches distantes de M. prototuberculosis, avec celles de souches de M. tuberculosis afin :

 d’identifier des régions génomiques spécifiques et des facteurs évolutifs ayant pu contribuer au succès de M. tuberculosis en tant que pathogène.
 de comprendre comment le genome de M. tuberculosis a été assemblé à partir du pool génétique ancestral.
 de redéfinir le périmètre de diversité génétique des bacilles de la tuberculose.

Ces résultats pourraient mener au développement de nouvelles applications diagnostiques, thérapeutiques ou vaccinales.

Chaque génome sera sequencé en utilisant une stratégie de séquençage aléatoire global, basée sur une combinaison de séquençage Sanger avec une banque d’inserts de petite taille (taille moyenne de 3 kb) et une couverture minimale de 4X, et de pyroséquençage à l’aide de la technologie 454 GS20 avec une couverture minimale de 12X.

Une étape de séquençage massif parallèle à l’aide de la technologie SOLEXA sera optionnellement utilisée pour vérifier les séquences. Une étape de finition permettra de finaliser les assemblages.

Contacts : Valérie Barbe (Genoscope) - Philip Supply et Maria Cristina Gutierrez (INSERM/Institut Pasteur Lille) - Roland Brosch (Institut Pasteur - Paris)