Lien pour acceder au site du CEA
Site Genoscope en langue française Genoscope site in english El sitio Genoscope en español
Accueil du site > Séquençage > Les projets > Champignons > Tuber melanosporum > Séquençage aléatoire global

Toutes les versions de cet article :

Tuber melanosporum

Séquençage aléatoire global

Projet: Collaboratif
Etat du projet: En cours



Collaborations :

INRA, UMR 1136, INRA-Nancy Université, Interactions Arbres/Microorganismes, Champenoux, France

Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare, Università degli studi di Parma, Parme, Italie

Istituto per la Protezione delle Piante del CNR, sez. di Torino c/o Dipartimento Biologia Vegetale – UniTO, Turin, Italie

CNR-IGV : Istituto di Genetica Vegetale, articolazione territoriale di Perugia, Perugia, Italie

Dipartimento di Scienze Biomolecolari, Università degli Studi di Urbino, Urbino (PU), Italie

INRA - URGI/BIOGER, Versailles cedex

Dip. Genetica e Biologia molecolare, Instituto di fisiologia generale, Università la Sapienza Roma, Rome, Italie

Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR 6098 CNRS-Universités Aix-Marseille I & II, Marseille, France

INRA, UMR Amélioration et Santé des Plantes, INRA-Université Blaise Pascal, centre INRA de Clermont-Ferrand-Theix France

Departments of Environmental Sciences and Basic and Applied Biology, University of L’Aquila, L’Aquila, Italie

Università degli Studi di Bologna Ana De Miguel, Bologna, Italie

Université Paul Sabatier (Toulouse III), Unité mixte UPS-CNRS 5546 Surfaces Cellulaires et Signalisation chez les Végétaux, Castanet-Tolosan, France

Le séquençage et l’assemblage du génome de T. melanosporum repose sur une stratégie de séquençage aléatoire à haut débit.

L’ADN génomique a été extrait de la souche haploide Mel28, fragmenté et cloné dans des vecteurs plasmidiques. Plus de 1 280 000 séquences génomiques ont été assemblées (couverture de 10X) à l’aide du programme ARACHNE. L’assemblage final contient 125 Mpb (398 supercontigs, N50= 637 kb).

Contact : Patrick Wincker (Genoscope) - Francis Martin (INRA)

mise à jour le 11 mai 2009

© Genoscope - Centre National de Séquençage
2 rue Gaston Crémieux CP5706 91057 Evry cedex
Tél:  (+33) 0 1 60 87 25 00
Fax: (+33) 0 1 60 87 25 14

Accueil | Présentation | Projets | Actualités | Panorama de presse | Ressources | Contact
Suivre la vie du site RSS 2.0 | Plan du site | Crédits | Mentions légales