Ralstonia solanacearum CMI1000, MOLK2 et 1609

Ralstonia solanacearum est une bêta-protéobactérie phytopathogène capable d’infecter un grand nombre d’espèces de plantes. Le Genoscope a séquencé les génomes de trois souches aux spectres d’hôtes très différents. Le premier génome séquencé fut celui de la souche à large spectre d’hôtes CMI1000. Il est organisé en deux réplicons : un chromosome de 3,7 Mb et un mégaplasmide de 2,1 Mb, aux GC% très comparables (environ 67%). Près de 10 équivalents génomiques ont été assemblés selon une stratégie séquentielle, afin de limiter les problèmes causés par les séquences répétées. L’assemblage a notamment bénéficié de séquences d’extrémités de clones BAC avec une taille moyenne d’inserts de 100 kb. La séquence résultante a fait l’objet d’un travail de finition, et la séuence finale a été validée à plus de 99% par comparaison avec les empreintes de restriction obtenues expérimentalement sur un chemin de recouvrement minimal de clones BAC. L’annotation a été effectué dans l’équipe de Christian Boucher au Laboratoire Interactions Plantes-Microorganismes (accès à la séquence annotée).

Les génomes des souches MolK2 (souche de race 2, isolée sur bananier) et 1609 (souche de race 3, isolée sur pomme de terre) possèdent des génomes comparables à celui de CMI1000 (environ 6 Mb, GC% estimé à 67%). Ils sont séquencés au Genoscope à des profondeurs de 6,2 X et 7,3 X, respectivement. Trois banques sont utilisées pour chaque projet : deux banques de clones plasmidiques aux tailles moyennes d’inserts de 3 et 10 kb, et une banque de miniBACs avec une taille moyenne d’inserts de 25 kb. Après un premier assemblage, le travail de finition ne sera consenti, pour chaque génome, que sur des régions présentant un intérêt particulier.