Quercus

Chez les chênes, le séquençage a été réalisé sur l’extrémité 5’ d’environ 50 000 clones d’ADNc issus de banques non normalisées portées par le vecteur pBlueScriptIISK.

Le nombre de séquences de qualité est répartie de la façon suivante en fonction des tissus et des espèces : Racines de Quercus robur, 19 177 EST ; Feuilles de Quercus robur, 7 097 EST ; Xylème en différentiation de Quercus robur, 9 529 EST ; Bourgeons de Quercus petraea, 9 990 EST. La taille moyenne des inserts des banques d’ADNc est estimée à environ 1 kb. Ces EST ont été analysées et annotées à l’aide de la chaîne d’analyse bioinformatique EPA. Un unigène de 16 000 éléments est maintenant prêt pour l’élaboration de puces à ADNc. Celles-ci seront produites en 2007 dans le cadre du réseau d’excellence EVOLTREE. Ces ressources serviront de base au développement d’un programme de recherche focalisé sur deux fonctions adaptative : la réponse à la sécheresse et le débourrement du bourgeon végétatif.

Par ailleurs, elles seront également utilisées pour comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la différentiation de espèces de chêne (Q. robur et Q. petraea), notamment quant à la possibilité de supporter l’ennoyage du système racinaire. Enfin, une base de données de marqueurs microsatellites et SNP électronique a également été réalisée sur la base des EST produites par le Genoscope, et servira de support à la cartographie génétique et comparée chez les Fagaceae dans le cadre du projet EVOLTREE.

En 2007, le catalogue d’EST sera étendu grâce aux séquençage de 150 000 EST supplémentaires (projet EVOLTREE).

Contacts :
Patrick Wincker (Genoscope) - Christophe Plomion (INRA) - Antoine Kremer (INRA)