Publications 2009

Archives 2008-1997

Barabote RD, Xie G, Leu DH, Normand P, Necsulea A, Daubin V, Médigue C, Adney WS, Xu XC, Lapidus A, Parales RE, Detter C, Pujic P, Bruce D, Lavire C, Challacombe JF, Brettin TS, Berry AM.
  « Complete genome of the cellulolytic thermophile Acidothermus cellulolyticus 11B provides insights into its ecophysiological and evolutionary adaptations. »
  Genome Res, 2009 ; 19(6) : 1033-1043.

Barbe V, Cruveiller S, Kunst F, Lenoble P, Meurice G, Sekowska A, Vallenet D, Wang TZ, Moszer I, Médigue C, Danchin A.
  « From a consortium sequence to a unified sequence : the Bacillus subtilis 168 reference genome a decade later. »
  Microbiology-Sgm, 2009 ;155(6):1758-1775. Epub 2009 April 21.

Bézier A, Annaheim M, Herbinière J, Wetterwald C, Gyapay G, Bernard-Samain S, Wincker P, Roditi I, Heller M, Belghazi M, Pfister-Wilhem R, Periquet G, Dupuy C, Huguet E, Volkoff AN, Lanzrein B, Drezen JM.
  « Polydnaviruses of braconid wasps derive from an ancestral nudivirus. »
  Science. 2009 Feb 13 ; 323(5916) : 926-30.

Chiori R, Jager M, Denker E, Wincker P, Da Silva C, Le Guyader H, Manuel M, Quéinnec E.
  « Are Hox genes ancestrally involved in axial patterning ? Evidence from the hydrozoan Clytia hemisphaerica (Cnidaria). »
  PLoS One. 2009 ; 4(1) : e4231. Epub 2009 Jan 21.

de Groot A, Dulermo R, Ortet P, Blanchard L, Guerin P, Fernandez B, Vacherie B, Dossat C, Jolivet E, Siguier P, Chandler M, Barakat M, Dedieu A, Barbe V, Heulin T, Sommer S, Achouak W, Armengaud J.
  « Alliance of Proteomics and Genomics to unravel the specificities of Sahara bacterium Deinococcus deserti. »
  PLoS Genet, 2009 ; 5(3) : e1000434.

Durot M, Bourguignon P-Y, Schachter V.
  « Genome-scale models of bacterial metabolism :reconstruction and applications. »
  FEMS Microbiol Rev. 2009 Jan ;33(1) : 164-90. .

Florent I, Porcel BM, Guillaume E, Da Silva C, Artiguenave F, Maréchal E, Bréhélin L, Gascuel O, Charneau S, Wincker P, Grellier P.
  « A Plasmodium falciparum FcB1-schizont-EST collection providing clues to schizont specific gene structure and polymorphism. »
  BMC Genomics. 2009 May 19 ;10:235.

Fonknechten N, Perret A, Perchat N, Tricot S, Lechaplais C, Vallenet D, VergneC, Zaparucha A, Le Paslier D, Weissenbach J, Salanoubat M.
  « A conserved gene cluster rules anaerobic oxidative degradation of L-ornithine. »
  J Bacteriol. 2009 May ; 191(9) : 3162-67.

Guérin A, d’Aubenton-Carafa Y, Marrakchi E, Da Silva C, Wincker P, Mazan S, Rétaux S.
  « Neurodevelopment genes in lampreys reveal trends for forebrain evolution in craniates. »
  PLoS One. 2009 ;4(4) : e5374. Epub 2009 Apr 28.

Holford M, Puillandre N, Terryn Y, Cruaud C, Olivera B, Bouchet P.
  « Evolution of the Toxoglossa Venom Apparatus as Inferred by Molecular Phylogeny of the Terebridae. »
  Mol. Biol. Evol. 2009 ; 26(1) : p. 15-25.

Jaillon O, Aury JM, Wincker P.
  « « Changing by doubling », the impact of Whole Genome Duplications in the evolution of eukaryotes. »
  C R Biol. 2009 Feb-Mar ;332(2-3):241-53. Epub 2008 Nov 29. Review.

Loy A, Duller S, Baranyi C, Mubmann M, Ott J, Sharon I, Béjà O, Le Paslier D, Dahl C, Wagner M.
  « Reverse dissimilatory sulfite reductase as phylogenetic marker for a subgroup of sulfur-oxidizing prokaryotes. »
  Environ Microbiol 2009 ; 11(2) : p. 289-299.

Peigne C, Bidet P, Mahjoub-Messai F, Plainvert C, Barbe V, Médigue C, Frapy E, Nassif X, Denamur E, Bingen E, Bonacorsi S.
  « The plasmid of neonatal meningitis Escherichia coli strain S88 (O45 :K1 :H7) is closely related to avian pathogenic E. coli plasmids and is associated with high level bacteremia in neonatal rat meningitis model. »
  Infect Immun, 2009 Mar 23.

Philippe H, Derelle R, Lopez P, Pick K, Borchiellini C, Boury-Esnault N, Vacelet J, Renard E, Houliston E, Quéinnec E, Da Silva C, Wincker P, Le Guyader H, Leys S, Jackson DJ, Schreiber F, Erpenbeck D, Morgenstern B, Wörheide G, Manuel M.
  « Phylogenomics revives traditional views on deep animal relationships. »
  Curr Biol. 2009 Apr 28 ;19(8):706-12. Epub 2009 Apr 2.

Rivière D, Desvignes V, Pelletier E, Chaussonnerie S, Guermazi S, Weissenbach J, Li T, Camacho P, Sghir A.
  « Towards the definition of a core of microorganisms involved in anaerobicdigestion of sludge. »
  ISME J. 2009 Feb 26.

Simon G, Bouzon M, Charmantray F, Helaine V, Legeret B, Marliere P, Hecquet.
  « Amino acid precursors for the detection of transketolase activity in Escherichia coli auxotrophs. »
  Bioorg Med Chem Lett. 2009 Jul 15 ;19(14):3767-70. Epub 2009 May 3

Souciet JL, Dujon B, Gaillardin C, Johnston M, Baret PV, Cliften P, Sherman DJ, Weissenbach J, Westhof E, Wincker P, Jubin C, Poulain J, Barbe V, Segurence B, Artiguenave F, Anthouard V, Vacherie B, Val ME, Fulton RS, Minx P, Wilson R, Durrens P, Jean G, Marck C, Martin T, Nikolski M, Rolland T, Seret ML, Casaregola S, Despons L, Fairhead C, Fischer G, Lafontaine I, Leh V, Lemaire M, de Montigny J, Neuveglise C, Thierry A, Blanc-Lenfle I, Bleykasten C, Diffels J, Fritsch E, Frangeul L, Goeffon A, Jauniaux N, Kachouri-Lafond R, Payen C, Potier S, Pribylova L, Ozanne C, Richard GF, Sacerdot C, Straub ML, Talla E.
  « Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae. »
  Genome Res. 2009 Jun 12. Epub ahead of print

Teixeira FK, Heredia F, Sarazin A, Roudier F, Boccara M, Ciaudo C, Cruaud C, Poulain J, Berdasco M, Fraga MF, Voinnet O, Wincker P, Esteller M, Colot V.
  « A Role for RNAi in the Selective Correction of DNA Methylation Defects. »
  Science. 2009 Mar 20 ; 323(5921) : p. 1600-4.

Touchon M, Hoede C, Tenaillon O, Barbe V, Baeriswyl S, Bidet P, Bingen E, Bonacorsi S, Bouchier C, Bouvet O, Calteau A, Chiapello H, Clermont O, Cruveiller S, Danchin A, Diard M, Dossat C, Karoui ME, Frapy E, Garry L, Ghigo JM, Gilles AM, Johnson J, Le Bouguénec C, Lescat M, Mangenot S, Martinez-Jéhanne V, Matic I, Nassif X, Oztas S, Petit MA, Pichon C, Rouy Z, Ruf CS, Schneider D, Tourret J, Vacherie B, Vallenet D, Médigue C, Rocha EP, Denamur E.
  « Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths. »
  PLoS Genet. 2009 Jan ; 5(1) : p. e1000344.

Valentini A, Miquel C, Nawaz MA, Bellemain E, Coissac E, Pompanon F, Gielly L, Cruaud C, Nascetti G, Wincker P, Swenson JE, Taberlet P.
  « New perspectives in diet analysis based on DNA barcoding and parallel pyrosequencing : the trnL approach. »
  Mol Ecol Resources. 2009 ; 9(1) : p. 51-60.