Podospora anserina

Le séquençage des 30 Mb du génome du champignon filamenteux Podospora anserina (souche de référence S mat+) est entrepris au Genoscope selon la stratégie du séquençage aléatoire global. Pour atteindre une profondeur de 10X, 600 000 lectures ont été effectuées fin 2003. Ces lectures proviennent à 60% d’une banque de clones aux inserts de 3 kb en moyenne, et à 40% d’une banque aux inserts de 10 kb. En outre, les séquences d’extrémités de 10 000 clones BAC (inserts de 90 kb en moyenne) ont été déterminées en vue de faciliter l’assemblage.

Un premier essai d’assemblage à 6X a permis de confirmer l’évaluation de la taille du génome à 33-34 Mb. L’assemblage est en outre en bon accord avec celui des 500 kb environ de séquence de la région centromérique du chromosome V, déterminés dans le cadre d’un projet pilote initié en 2001.

Le projet inclut également le séquençage de plus de 10 000 clones de deux banques d’ADN complémentaires aux tailles d’insert différentes. Ces séquences d’ADNc seront directement alignées sur la séquence génomique lors de l’annotation. Ces données d’expression seront ensuite intégrées au moyen du logiciel GAZE aux autres données d’annotation (notamment celles générées par l’outil de génomique comparative Exofish à partir de la comparaison des séquences génomiques de Podospora anserina et Neurospora crassa).

Contacts : Patrick Wincker (Genoscope) - Philippe Silar (Université Paris Sud/CNRS)