Phaeodactylum tricornutum

Genoscope entreprend de générer, chez Phaeodactylum tricornutum, 100 000 nouvelles « expressed sequence tags » (ESTs) provenant de cellules ayant poussé dans 10 conditions différentes.
Ces 10 conditions sont choisies dans le but de donner des informations pertinentes pour la compréhension des aspects clés de la biologie des diatomées, importants et cruciaux sur le plan écologique, pour le succès et la survie des diatomées. Ces conditions incluront la croissance en taux élevé de CO2, des concentrations en nutriments altérées (ex. carences en N et P, excès de Fe et Si), ainsi que la croissance des différents morphotypes sur divers substrats.

P. tricornutum sera utilisé comme modèle car les gènes d’intérêt peuvent être manipulés aisément chez cette espèce. Suite à cela, les ESTs seront annotées et organisées dans la banque de données PtDB qui existe déjà et seront alignées avec les génomes de T. pseudonana et P. tricornutum, ce qui sera essentiel pour définir la structure des gènes. Les profils d’expression, dans les différentes conditions choisies pour l’établissement des banques, seront également incorporés.
Enfin, en se basant sur l’annotation des ESTs, ainsi que sur leurs alignements avec les génomes, 1 000 clones seront choisis et séquencés par Genoscope afin de produire des séquences d’ADNc complets afin d’améliorer l’annotation du génome.

Contacts :
Michael Katinka (Genoscope) - Chris Bowler (ENS)