Paramecium tetraurelia

L’ADN du macronoyau de Paramecium tetraurelia est séquencé au Genoscope selon la stratégie du séquençage aléatoire global. Plusieurs banques comprenant des inserts de tailles différentes (3 kb, 5 kb et 10 kb) ont été construites à partir d’ADN macronucléaire. Celui-ci provient de macronoyaux purifiés de la souche stock d4-2. Les macronoyaux sont faciles à obtenir, du fait de leur taille et de leur densité, par simple centrifugation. Le clonage des grands inserts (10 kb), qui procurent des liens clones à grande échelle lors de l’assemblage, a nécessité un effort de mise au point, du fait de la richesse du génome de la paramécie en bases A et T (70-75%, et jusqu’à 85% dans les régions intergéniques).

L’ensemble des séquences lues représentera une couverture de 10X du génome macronucléaire haploïde, dont la taille est estimée à 100 Mb environ. Ces lectures seront assemblées avec un assembleur développé au Genoscope. L’élimination des séquences répétées lors de la formation du macronoyau et l’absence apparente de régions dupliquées faciliteront l’assemblage, pour lequel aucune donnée de cartographie n’est disponible. Des difficultés pourraient survenir aux extrémités des chromosomes : chacun des chromosomes du macronoyau (ils seraient environ 350) est en effet présent en un millier d’exemplaires, qui peuvent différer légèrement au niveau des sites d’addition des télomères. Ces difficultés devraient être facilement résolues.

L’assemblage n’aboutira sans doute pas à un nombre de contigs, ou même d’échaffaudages, équivalent au nombre de chromosomes du macronoyau. Toutefois, un séquençage à 10 X devrait laisser très peu de trous. Le séquençage du micronoyau de la paramécie, en projet, permettrait d’ordonner les séquences du macronoyau.

Contacts :
Patrick Wincker (Genoscope) - Linda Sperling, Jean Cohen (CGM)